|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИСТИНА ПсковГУ |
||
Поиск инсерций мобильных генетических элементов и хромосомных перестроек, влияющих на изменение экспрессии генов, в линиях D. melanogaster с нарушением контроля транспозиции ретротранспозона gypsyстатья
Статья опубликована в журнале из списка RSCI Web of Science
Статья опубликована в журнале из перечня ВАКСтатья опубликована в журнале из списка Web of Science и/или Scopus
- Авторы: Кукушкина и.в., Лавренов А.Р., Миляева П.А., Лавренова А.И., Кузьмин И.В., Нефедова Л.Н., Ким А.И.
- Журнал: Молекулярная биология
- Том: 58
- Номер: 5
- Год издания: 2024
- Первая страница: 743
- Последняя страница: 755
- DOI: 10.31857/S0026898424050055
- Аннотация: Мобильные генетические элементы (МГЭ) способствуют повышению частоты спонтанных мутаций в геноме, а также способны изменять структуру генов или влиять на их экспрессию, поэтому важно иметь представление об активности МГЭ и их положении в геноме. В представленной работе показано преимущество сочетания двух методов секвенирования для поиска инсерций МГЭ и хромосомных перестроек: полногеномного нанопорового секвенирования и секвенирования транскриптома методом Illumina. Полногеномное нанопоровое секвенирование позволяет обнаружить инсерции МГЭ, а секвенирование транскриптома на платформе Illumina - оценить влияние инсерций на экспрессию генов. В работе использованы данные секвенирования геномов линий Drosophila melanogaster с фенотипом flamenco SS (w1, мутант flamenco) и MS (w1, мутант flamenco, активная копия gypsy). В качестве контроля использована лабораторная линия дикого типа Д32. В линиях SS, MS и линии дикого типа обнаружены инсерции и делеции МГЭ в эухроматиновых районах генома и в интронах генов относительно референсного генома (NCBI GCF_000001215.4). В анализируемых геномах проведен поиск инсерций и делеций в генах системы РНК-интерференции и в генах, дифференциально экспрессируемых у мух линий SS и MS. В результате обнаружены инсерции МГЭ в различных регионах генов AGO3, CG17147, Su(var)3-3, Gasz, CG43348, moody, CG17752. Не обнаружено корреляции между изменением положения МГЭ и уменьшением или увеличением экспрессии большинства анализируемых генов. В гене vig найдена хромосомная перестройка, затрагивающая 3'-нетранслируемую область. На основании результатов секвенирования длинными прочтениями получена сборка генома линии MS de novo. Установлено, что повышение экспрессии генов CR45822 и pst в линиях SS и MS связано с трипликацией, а не с изменением регуляторных последовательностей генов или инсерцией МГЭ.
- Добавил в систему: Лавренов Антон Русланович