|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИСТИНА ПсковГУ |
||
Особенности регуляции транскрипционной активности генов раково-тестикулярных антигенов при раке желудкастатья Исследовательская статья
Статья опубликована в журнале из списка Web of Science и/или Scopus
- Авторы: Кутилин Д.С., Кит О.И., Максимов А.Ю., Чалхахян Л.Х., Дашков А.В., Малинин С.А., Каминский Г.В., Шкурат Т.П.
- Журнал: Успехи молекулярной онкологии
- Том: 12
- Номер: 3
- Год издания: 2025
- Издательство: АБВ-пресс
- Местоположение издательства: М.
- Первая страница: 78
- Последняя страница: 99
- DOI: 10.17650/2313-805X-2025-12-3-78-991
- Аннотация: Введение. Рак желудка остается серьезной проблемой здравоохранения. Гены раково-тестикулярных антигенов (РТ-гены) при данной патологии могут быть перспективными мишенями для иммунотерапии из-за их ограниченной экспрессии в нормальных тканях. Большую роль в регуляции экспрессии РТ-генов при раке желудка играют сети эндогенных конкурентно взаимодействующих РНК (ceRNAs). Эти сети сложны и требуют комплексного биоинформатического и экспериментального анализов. Цель исследования - биоинформатический анализ с последующей валидацией экспрессии РТ-генов и ее регуляции в злокачественных опухолях желудка.Материалы и методы. Данные для биоинформатического этапа исследования взяты из базы Gene Expression Omnibus (GEO). Идентификацию дифференциально экспрессирующихся генов осуществляли с помощью GEO2R, микроРНК, таргетирующих гены-мишени, - с использованием метода машинного обучения Random forest. Также проводили анализ взаимодействия микроРНК и длинных некодирующих РНК (lncRNAs). Клиническим материалом для экспериментального этапа исследования послужили опухолевые и условно нормальные ткани 100 пациентов с гистологически подтвержденным диагнозом «рак желудка». Величины относительной экспрессии 6 РТ-генов (MAGEA10, MAGEA2, MAGEA12, MAGEA3, MAGEA6, MAGEH1), а также таргетирующих их микроРНК и lncRNAs определяли методом полимеразной цепной реакции в реальном времени.Результаты. С использованием GEO2R обнаружены 18 617 дифференциально экспрессирующихся локусов, включая кодирующие белки гены, микроРНК и lncRNAs. Выявлено изменение экспрессии 6 РТ-генов: MAGEA10, MAGEA2, MAGEA12, MAGEA3, MAGEA6 и MAGEH1, взаимодействующих с 40 микроРНК, которые, в свою очередь, взаимодействуют с 17 lncRNAs. В опухолевой ткани пациентов обнаружены повышение экспрессии генов MAGEA10, MAGEA3 и MAGEA6 (p <0,0001), снижение экспрессии miR-1207-5p, -6858-5p, -3127-3p, -3940-3p, -6807-3p, -3085-3p, -3934-5p, -4488, -4530, -6777-3p и -99a-3p (p <0,0001), увеличение экспрессии miR-7113-3p, miR-874-3p, а также повышение экспрессии LINC01089, AC145285.6, GAS5, AC005034.3, AL691447.2 (p <0,001) и снижение экспрессии SNHG14, AC002101.1, SLC9A3-AS1 и AL118506.1 (p <0,001). На основании полученных данных построена модель регуляторной сети для РТ-генов при раке желудка.Заключение. Продемонстрированы нарушения в сети конкурентно-взаимодействующих РНК РТ-генов при аденокарциноме желудка. Полученные данные имеют большое значение для понимания фундаментальных механизмов регуляции РТ-генов, а также для совершенствования подходов к иммунотерапии (новые мишени и регуляторные молекулы) и диагностики (новые молекулярные маркеры) этого заболевания.
- Добавил в систему: Кутилин Денис Сергеевич