|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИСТИНА ПсковГУ |
||
ИСПОЛЬЗОВАНИЕ ГЕНОМНЫХ И ТРАНСКРИПТОМНЫХ ДАННЫХ ДЛЯ ПРЕДСКАЗАНИЯ КОЛЛАГЕНОЛИТИЧЕСКИХ ФЕРМЕНТОВ ASPERGILLUS USTUSстатья Тезисы
- Авторы: Лавренова В.Н., Сырцева С.А., Шестакова А.А., Осмоловский А.А.
- Сборник: IV Всероссийская конференция “Высокопроизводительное секвенирование в геномике”
- Год издания: 2025
- Место издания: Академиздат Новосибирск
- Первая страница: 48
- Последняя страница: 48
- Аннотация: Протеолитические ферменты, гидролизующие трудноразлагаемые фибриллярныебелки, представляют большой интерес для современной индустрии, так как могутбыть использованы в пищевой, кожевенной промышленностях, сельском хозяйстве,медицине, для биодеградации. В связи с этим целью работы был поиск секретируемыхпротеаз описанного ранее перспективного продуцента Aspergillus ustus по геномным итранскриптомным данным и оценка их коллагенолитического потенциала.Микромицет A. ustus культивировали на питательной среде, содержащей коллагени гидролизат рыбной муки в качестве источников азота. Библиотеки геномной ДНКи кДНК секвенировали с использованием Illumina NestSeq. Для аннотации генома,картирования транскриптомных последовательностей и количественной оценкиуровней транскрипции протеаз использовали инструменты AUGUSTUS 3.5.0,STAR, RSEM. Для докинга последовательностей протеаз на 3D-структуру коллагеначеловека применяли LZerD. Конструкция для клонирования протеазы с наибольшимколлагенолитическим потенциалом основана на pET-32a, для экспрессии использовалиштамм E. coli XL1-Blue.Спустя 5 суток культивирования A. ustus получили библиотеку кДНК, послесеквенирования и анализа которой была выявлена 51 секретируемая протеаза сFPКM больше 15. Большая часть выявленных протеаз принадлежала к сериновым,аспартатным и металло-протеазам. Однако ингибиторный анализ и коллагеноваязимография культуральной жидкости микромицета выявили лишь одну сериновуюколлагенолитическую протеазу массой 40 кДа. По результатам докинга была выбранасериновая протеаза семейста S8 подходящей молекулярной массы с наилучшимипараметрами связывания коллагена. После клонирования активность фермента былаподтверждена способностью гидролизовать хромогенный субстрат Suc-AAA-рNА.Использование геномных и транскриптомных данных вместе с классическимиэкспериментальными методиками анализа протеолитической активности значительноупрощает поиск протеаз микроорганизмов с необходимыми свойствами. Найденная вданной работе коллагенолитическая протеаза может быть в дальнейшем использованав медицине для противорубцовой терапии, а также для биодеградации отходовживотноводства.
- Добавил в систему: Лавренова Виктория Николаевна