|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИСТИНА ПсковГУ |
||
RNA-DNA interactomes of three prokaryotes uncovered by proximity ligationстатья Исследовательская статья
Статья опубликована в высокорейтинговом журнале
Информация о цитировании статьи получена из
Scopus
Статья опубликована в журнале из списка Web of Science и/или Scopus
Дата последнего поиска статьи во внешних источниках: 1 мая 2024 г.
- Авторы: Gavrilov Alexey A., Evko Grigory S., Galitsyna Aleksandra A., Ulianov Sergey V., Kochetkova Tatiana V., Merkel Alexander Y., Tyakht Alexander V., Razin Sergey V.
- Журнал: Communications Biology
- Том: 6
- Номер: 473
- Год издания: 2023
- Издательство: Springer Nature
- Местоположение издательства: Switzerland
- Номер статьи: 473
- DOI: 10.1038/s42003-023-04853-8
- Аннотация: Proximity ligation approaches, which are widely used to study the spatial organization of the genome, also make it possible to reveal patterns of RNA-DNA interactions. Here, we use RedC, an RNA-DNA proximity ligation approach, to assess the distribution of major RNA types along the genomes of E. coli, B. subtilis, and thermophilic archaeon T. adornatum. We find that (i) messenger RNAs preferentially interact with their cognate genes and the genes located downstream in the same operon, which is consistent with polycistronic transcription; (ii) ribosomal RNAs preferentially interact with active protein-coding genes in both bacteria and archaea, indicating co-transcriptional translation; and (iii) 6S noncoding RNA, a negative regulator of bacterial transcription, is depleted from active genes in E. coli and B. subtilis. We conclude that the RedC data provide a rich resource for studying both transcription dynamics and the function of noncoding RNAs in microbial organisms.
- Добавил в систему: Ульянов Сергей Владимирович
Прикрепленные файлы
| № | Имя | Описание | Имя файла | Размер | Добавлен |
|---|---|---|---|---|---|
| 1. | Полный текст | 2023_Gavrilov_-RNA-DNA_interactomes_of_three_prokaryotes_un… | 6,3 МБ | 29 апреля 2023 [SergeyUlyanov] |