Место издания:МАРТ г. Москва, ул. Кантемировская, д. 60
Первая страница:83
Последняя страница:84
Аннотация:Неинфекционные хронические заболевания (НИЗ) вышли на первое место по смертности в развитых странах мира. К этой группе мультифакторных заболеваний относят болезни системы кровообращения, новообразования, сахарный диабет 2-го типа, хронические болезни органов дыхания, а также некоторые нейродегенеративные и психические заболевания. Современные высокопроизводительные методы, дающие системные данные на молекулярном уровне (геном, транскриптом, протеом, метаболом) позволили ставить задачи поиска механизмов возникновения системных заболеваний. Эти задачи, в свою очередь, поставили ряд вопросов перед платформами исследований. Необходимо создавать новые платформы исследований, соединяющие традиционные исследования на клеточном и молекулярном уровне с данными, получаемыми выскопроизводительными методами. Нами разработан пайплайн, которую позволяет комбинировать информацию, получаемую из баз данных геномных вариаций Clinvar и PheGenI, баз транскриптомных данных (таких как GEO, ArrayExpress PubMed, TCGA и др.) с анализом методами: выделения дифференциально экспрессирующихся генов (ДЭГов), анализа взвешенных сетей коэкспрессии генов, машинного обучения «случайный лес») и дискриминантного анализа методом частичных наименьших квадратов (PLS-DA) для обработки метаболомных (Lipidmaps, HMDB и др.) данных. Получаемые в результате анализа данные позволяют выявлять потенциальные функциональные связи генов различных метаболических путей, что позволяет предсказывать новые взаимосвязи при изучении патогенеза системных заболеваний. Работа выполнена при поддержке гранта РФФИ 19-29-01243.
