|
ИСТИНА |
Войти в систему Регистрация |
ИСТИНА ПсковГУ |
||
Флуоресцентный белок DsRed: параметризация хромофора как аминокислотного остатка для компьютерного моделирования в рамках силового поля OPLS-AAстатья
Статья опубликована в журнале из списка RSCI Web of Science
Статья опубликована в журнале из перечня ВАКСтатья опубликована в журнале из списка Web of Science и/или Scopus
Дата последнего поиска статьи во внешних источниках: 24 января 2020 г.
- Авторы: Дмитриенко Д.В., Вржещ Е.П., Друца В.Л., Вржещ П.В.
- Журнал: Биохимия
- Том: 71
- Номер: 10
- Год издания: 2006
- Издательство: ФГБУ "Издательство "Наука"
- Местоположение издательства: Москва
- Первая страница: 1399
- Последняя страница: 1420
- Аннотация: Рассчитаны параметры потенциалов нейтральной формы хромофора флуоресцентного белка DsRed как остатка [(4-цис)-2-[(1-цис)-4-амино-4-оксобутанимидоил]-4-(4-оксибензилиден)-5-оксо-4,5-дигидро-1H-имидазол-1-ил] уксусной кислоты для силового поля OPLS-AA. С их помощью методом молекулярной динамики можно осуществлять расчеты белков, содержащих такой остаток в качестве звена полипептидной цепи. Параметры хромофора получены с использованием квантово-химических расчетов ab initio (RHF/6-31G**) методом плотностного функционала (DFT) с применением трехпараметрического функционала Бека (B3LYP). Методом молекулярной динамики рассчитана траектория белка DsRed (в виде тетрамера), в водном окружении при 300 K (4 нс). Сравнение количественных характеристик структуры хромофора, полученной в результате молекулярно-динамических расчетов белка DsRed, с количественными характеристиками структуры хромофора в кристаллах белка DsRed (PDB ID: 1ZGO, 1G7K и 1GGX), и с количественными характеристиками структуры хромофора, полученными на основании квантово-химических расчетов, подтвердило правильность параметризации хромофора. Внесением топологии нейтральной формы хромофора белка DsRed в силовое поле OPLS-AA получен расширенный вариант этого поля, OPLS-AA/DsRed. Данный вариант силового поля позволяет проводить молекулярно-динамические расчеты белков, содержащих хромофор, идентичный хромофору белка DsRed. Использование представленных в данной работе параметров дает возможность проводить аналогичное расширение и других силовых полей.
- Добавил в систему: Друца Валерий Львович
Прикрепленные файлы
| № | Имя | Описание | Имя файла | Размер | Добавлен |
|---|---|---|---|---|---|
| 1. | Полный текст | Флуоресцентный белок DsRed: параметризация хромофора как аминокислотного остатка для компьютерного моделирования в рамках силового поля OPLS-AA | 2006_bcmr_1399_1420_Dmitrienko_Vrzheshch_Drutsa_Vrzheshch.p… | 181,5 КБ | 15 сентября 2014 [VrzheshchPV] |