RSF-INSF: Выяснение механизмов патологической трансформации амилоидогенных белков: поиск профилактических подходов.НИР

Unraveling the Mechanisms of Pathological Transformation in Amyloidogenic Proteins: A Quest for Preventative Approaches.

Соисполнители НИР

IBB UT Соисполнитель

Источник финансирования НИР

грант РНФ

Этапы НИР

# Сроки Название
1 1 февраля 2024 г.-31 декабря 2024 г. RSF-INSF: Выяснение механизмов патологической трансформации амилоидогенных белков: поиск профилактических подходов.
Результаты этапа: Целью совместного с Тегеранским университетом проекта является выяснение новых механизмов возникновения и развития нейродегенеративных заболеваний амилоидной природы, а именно болезней Альцгеймера и Паркинсона, а также прионных патологий. Кроме того, при реализации проекта предполагается найти подходы к предотвращению патологической трансформации амилоидогенных белков, прежде всего с помощью альфаВ-кристаллина, обладающего шапероно-подобными функциями. Для достижения поставленных целей на первой стадии выполнения проекта обеими группами участников были разработаны оригинальные способы получения необходимых белков, а именно, альфаВ-кристаллина, альфа-синуклеина, бета-амилоидного пептида 1-42, тау-белка и прионного белка. Кроме того, иранскими партнерами было получено 6 мутантных форм альфаВ-кристаллина, а российскими мутантная форма альфа-синуклеина А53Т без каких-либо дополнительных мотивов в его структуре. Был также проведен обмен полученными белками и плазмидами, необходимыми для их получения, между российскими и иранскими участниками проекта. Выделенные белки и их мутантные формы были охарактеризованы с помощью различных физико-химических методов, что позволило продемонстрировать сохранение ими структурных особенностей и функциональной активности, а также выявить последствия введения мутаций, как в альфа-синуклеин, так и в альфаВ-кристалаллин. Иранскими партнерами были получены данные о влиянии введения мутаций в альфаB-кристаллин на его свойства. В частности, на изменения параметров собственной флуоресценции и оптических характеристик, а также термодинамических параметров методом дифференциальной сканирующей калориметрии. Обнаружено, что введение мутаций существенно изменяет конформацию альфаВ-кристаллина, хотя и не препятствует формированию его олигомерных форм, характерных для белка дикого типа. Последнее наблюдение было подтверждено российскими партнерами с помощью метода динамического рассеяния света. Высказано предположение, что сохранившие олигомерное состояние мутантные формы альфа-кристаллина будут эффективно подавлять патологическую трансформацию амилоидогенных белков. Российскими партнерами было выявлено взаимодействие между двумя белками - актином и глицеральдегид-3-фосфатдегидрогеназой, принимающими участие в развитии нейродегенеративных заболеваний, в частности болезни Альцгеймера. Было обнаружено, что при связывании S-нитрозилированной глицеральдегид-3-фосфатдегидрогеназы с актином протекает реакция транснитрозилирования, приводящая к переносу NO-группы от фермента на С-концевой остаток цистеина Cys374 актина. Имеющаяся информация о роли актина в развитии нейродегенеративных патологий показывает, что актин и его комплексы с глицеральдегид-3-фосфатдегидрогеназой могут быть новыми мишенями при разработке лекарственных средств против амилоидных заболеваний. Для выяснения особенностей взаимодействия прионного белка PrP с белками-партнерами, а также роли отдельных участков этого белка в формировании амилоидных структур были выделены и охарактеризованы N- и С-концевых фрагменты PrP. Выделенный структурированный С-концевой фрагмент прионного белка в целом сохранял вторичную структуру, характерную для полноразмерного PrP, и обладал способностью формировать амилоидные структуры. При этом размер амилоидных агрегатов был существенно меньше, чем размер фибрилл, образованных полноразмерным PrP. Неструктурированный N-концевой фрагмент PrP не только не формировал амилоидных агрегатов, а, напротив, препятствовал фибриллизации полноразмерного PrP. Разное воздействие N-концевой фрагмент PrP оказывал на патологическую трансформацию других амилоидных белков. Так, амилоидная трансформация бета-амилоидного пептида 1-42 предотвращалась N-концевым фрагментом PrP. Однако, в отличие от воздействия на бета-амилоидный пептид, N-концевой фрагмент PrP стимулировал амилоидную трансформацию альфа-синуклеина дикого типа и его мутантной формы А53Т. В обоих случаях в присутствии N-концевого фрагмента PrP существенно уменьшалась лаг-фаза появления амилоидных структур. Таким образом, было показано, что два фрагмента PrP могут оказывать влияние как на агрегацию исходного полноразмерного PrP, так и на трансформацию других амилоидогенных белков, причем характер воздействия зависит от свойств конкретного белка. Возможно, N-концевой фрагмент PrP может быть использован для предотвращения патологической трансформации бета-амилоидных пептидов и самого прионного белка. С целью выяснения возможной взаимосвязи коронавирусной инфекции, а также вакцинации против этого заболевания, и развития нейродегенеративных болезней, в частности болезни Паркинсона, было изучено взаимодействие вирусных белков и альфа-синуклеина. Для этого был выделен и охарактеризован RBD-фрагмент спайк-белка коронавируса SARS-CoV-2, экспрессированный в эукариотической системе. Было продемонстрировано взаимодействие RBD-фрагмента спайк-белка и N-белка SARS-CoV-2 с альфа-синуклеином с помощью иммуноферментного анализа. Было показано также, что RBD-фрагмент спайк-белка может предотвращать амилоидную трансформацию мутантной формы альфа-синуклеина А53Т, увеличивая лаг-фазу фибриллизации и снижая выход амилоидных форм. При этом N-белок, напротив, значительно стимулировал амилоидоизацию альфа-синуклеина А53Т. Сделанные наблюдения указывают на то, что возникновение нейродегенеративных процессов амилоидной природы более вероятны при вакцинации против SARS-CoV-2 препаратами, содержащими N-белок. Для дальнейшего анализа описанных процессов были получены клеточные линии нейробластомы SH-SY5Y, стабильно экспрессирующих человеческий альфа-синуклеин дикого типа, а также мутантную форму альфа-синуклеина А53Т (3 клона), которые будут использованы для одновременной экспрессии в клетках альфа-синуклеина и белков коронавируса. Участниками проекта было проведено 2 совместных семинара (один виртуальный и один очный) и организован визит руководителя иранского проекта профессора Резы Юсефи в Москву. Российская лаборатория участвовала в акции РНФ «День без турникетов». По результатам проведенной работы было опубликовано 2 статьи - одна экспериментальная и одна обзорная в журнале первого квартиля (обе в журнале «Archives of Biochemistry and Biophysics», из-во «Elsevier»). Одна обзорная статья принята в печать в отечественный журнал «Успехи биологической химии» («Biochemistry» (Moscow)) второго квартиля и будет опубликована в феврале 2025 года. Готовятся к публикации несколько совместных с иранскими коллегами статей. Результаты работы были представлены на двух конференциях («Биохимия человека 2024» и «VI Международная конференция Постгеном'2024. XI Российский симпозиум Белки и пептиды. Российско-Китайский конгресс») в виде 3 устных докладов.
2 1 февраля 2025 г.-31 декабря 2025 г. RSF-INSF: Выяснение механизмов патологической трансформации амилоидогенных белков: поиск профилактических подходов.
Результаты этапа: 1. Экспериментально доказано, что αB-кристаллин дикого типа и все исследованные мутантные формы (R56Q, R163C, K90N и другие) оказывают модулирующее действие на кинетику фибриллизации альфа-синуклеина. Определены структурные особенности и некоторые функциональные свойства двух мутантных форм αBC ( K90N и R11G), а также предложены гипотезы о возможной роли данных мутаций в развитии ряда патологических процессов, в том числе нейродегенерации. Результаты опубликованы в двух совместных статьях с иранскими коллегами: Ghaffari et al.. Arch.Biochem.Biophys. 2025,769:110424; Salehi et al., Int.J.Biol.Macromol. 2025, 307(3):141895. Установлено, что αB-кристаллин дикого типа препятствует образованию нерастворимых в детергенте форм альфа-синуклеина при совместной продукции двух белков в культуре клеток HEK293T. Проведенные эксперименты позволили выявить специфичность воздействия различных мутантов: - Мутантная форма R56Q демонстрирует наиболее выраженный антиамилоидный эффект, практически полностью предотвращая фибриллизацию как мутантного альфа-синуклеина A53T, так и белка дикого типа. - Мутантные формы R163C и K90N проявляет двойственный эффект, существенно увеличивая лаг-фазу, но стимулируя последующий процесс фибриллизации. - αB-кристаллин дикого типа эффективно подавляет фибриллизацию мутантной формы A53T, но не оказывает значимого влияния на трансформацию альфа-синуклеина дикого типа. На основании полученных результатов можно предложить гипотезу о механизме действия, согласно которой различные формы αB-кристаллина оказывают дифференцированное влияние на отдельные стадии амилоидогенеза. Так, практически все исследуемые формы αB-кристаллина эффективно подавляют стадию нуклеации, а отдельные мутанты (в частности, R56Q) способны ингибировать последующие стадии образования протофибрилл и зрелых фибрилл. По результатам проведенного исследования мутантная форма R56Q идентифицирована как наиболее эффективный ингибитор амилоидной трансформации альфа-синуклеина, практически полностью подавляющий фибриллизацию как мутантного A53T, так и альфа-синуклеина дикого типа. Таким образом, мутантная форма альфаВ-кристаллина R56Q представляет наибольший интерес для дальнейшего изучения в качестве потенциального терапевтического агента для лечения нейродегенеративных заболеваний. 2. Изучение взаимодействия между полноразмерным PrP и его С- и N-концевыми фрагментами показало, что протеолитическое расщепления PrP in vivo, вероятно, не оказывает неблагоприятного воздействия на развитие прионных заболеваний, поскольку оба фрагмента предотвращают патологическую трансформацию полноразмерного прионного белка. При этом полноразмерный PrP и его N-концевой фрагмент при добавлении к альфа-синуклеину стимулируют агрегацию этого белка и появление бета-амилоидных структур. Однако такое воздействие не только не приводит к дополнительному формированию полноценных фибриллярных структур, а, напротив, полностью предотвращает их образование. Полученные данные важны для понимания молекулярных механизмов влияния протеолитического расщепления PrP in vivo на развитие прионных заболеваний и синуклеинопатий. Кроме того, перспективным направлением представляется использование N-концевых фрагментов PrP для предотвращения амилоидогенной трансформации полноразмерного прионного белка, альфа-синуклеина и других амилоидогенных белков. Результаты этой части проекта опубликованы в журнале «Biochimie» (Kudryavtseva et al., Biochimie. 2025,S0300-9084(25)00228-7). 3. Было показано, что при ухудшении шапероноподобной активности у мутантных по остаткам аргинина форм альфаВ-кристаллина может усиливаться их способность предотвращать амилоидную трансформацию альфа-синуклеина. Это наблюдение требует дальнейшего изучения, в том числе, с помощью введения пост-трансляционных модификаций, а именно гликирования. Образование тройных комплексов между альфаВ-кристаллином, ГАФД и актином указывает на возможность регуляции функционально важного взаимодействия между гликолитическим ферментом и мышечным белком с помощью альфа-кристаллинов, а также вероятную роль мутантных форм кристаллинов в развитии патологических процессов. 4. При изучении взаимодействия дендримеров с альфа-синуклеином, было установлено, что пиридилфениленовые дендримеры всех трех генераций являются мощными модуляторами процесса фибриллизации альфа-синуклеина, не ингибируя, а катализируя его амилоидную трансформацию и направляя ее в сторону образования морфологически разнообразных структур, включая стабильные белок-дендримерные пленки в случае дендримеров 4 генерации. Полученные данные расширяют понимание фундаментальных механизмов взаимодействий «дендример-белок» и открывают перспективы для использования таких комплексов для стимулирования амилоидной трансформации альфа-синуклеина с целью получения новых клеточных моделей синуклеинопатий. Кроме того, стабильные белок-дендримерные пленки могут найти разнообразное применения, прежде всего, при создании диагностических систем. На основании полученных данных в журнале «INEOS OPEN» принята к публикации статья «Образование композитных структур пиридилфениленовыми дендримерами с альфа-синуклеином». 5. Было показано, что белок нуклеокапсида (N-белок) ускоряет формирование затравок и ядер нуклеации будущих фибрилл альфа-синуклеина, а рецептор-связывающий домен S-белка значительно замедляет данный процесс. При формировании в присутствии белков коронавируса структура и свойства фибрил альфа-синуклеиа существенно изменяется. Было доказано, что единственный неспаренный цистеин Cys538 в RBD-домене спайк-белка SARS-CoV-2 подвергается нитрозилированию под действием оксида азота с образованием S-NO группы, которая in vitro может быть далее гидролизована с образованием сульфеновой кислоты (S-OH). Хотя нитрозилирование цистеинового остатка само по себе не влияет на связывающую способность RBD с клеточным рецептором ACE2, однако последующий гидролиз S-NO с образованием сульфеновой кислоты приводит к значительному снижению взаимодействия между двумя белками. Проведенные исследования позволяют предложить гипотезу о роли нитрозативного и окислительного стресса в патогенезе COVID-19. Образование SNO-модификации на RBD в условиях воспаления может являться защитным механизмом, не влияя напрямую на проникновение вируса (связывание с ACE2). Последующее образование сульфеновой кислоты может приводить к снижению вирулентности за счет уменьшения аффинности к ACE2. Таким образом, оксид азота и продукты окислительного стресса могут играть роль в противовирусной защите. 6. По результатам проведенной работы было опубликовано 3 экспериментальных статьи, причем две из них совместно с иранскими коллегами. Статьи были опубликованы в международных изданиях: Int J Biol Macromol ( Q1, IF-8.5), Arch Biochem Biophys (Q1, IF-3.0) и Biochimie (Q2, IF-3.0). Одна экспериментальная статья принята в отечественный журнал ИНЭОС OPEN, включенный в «Белый список» и будет опубликована в ближайших выпусках. Готовятся к публикации несколько совместных с иранскими коллегами статей. 7. В период с 2 февраля по 2 марта 2025 г. в рамках совместного гранта М.В. Медведева была в научной командировке в Институте биохимии и биофизики (IBB) Тегеранского университета (Иран) для выполнения проекта: «Структурные и функциональные последствия мутации L137M в альфаВ-кристаллине». М.В. Медведевой была выделена и охарактеризована мутантная форма альфаВ-кристаллина L137M, дальнейшее изучение которой проводили как в российской, так и иранской лабораториях. Биофизическая характеристика белка с помощью методов кругового дихроизма, дифференциальной сканирующей калориметрии и измерения триптофановой флуоресценции показали, что мутация L137M незначительно изменяет вторичную структуру, но снижает термостабильность белка. На 2026 год запланированы эксперименты по изучению шаперонной функции белков WT и L137M и подготовка совместной публикации. Был проведен один совместный он-лайн семинар с иранскими партнерами 27.10.2025 (11 участников - 4 с иранской и 7 с российской сторон). 19.02.2025 М.В. Медведева вместе с иранскими коллегами участвовала в открытых лекциях по молекулярной биологии для студентов Тегеранского университета с докладом о технологии полимеразной цепной реакции. 08.05.2025 М.В. Медведева участвовала в «Первой иранской конференции по биохимии и биофизики зрения», организованной Институтом биохимии и биофизики (IBB) Тегеранского университета (Иран) [https://ibb.ut.ac.ir/en/web/ibb/w/first-iran-s-conference-on-biochemistry-and-biophysics-of-visiono-of-vision] с докладом на тему «Защитная роль альфаБ-кристаллина в предотвращении окисления глицеральдегид-3-фосфатдегидрогеназы» (Protective role of alphaB-crystallin against glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase oxidative damage).

Прикрепленные к НИР результаты

Для прикрепления результата сначала выберете тип результата (статьи, книги, ...). После чего введите несколько символов в поле поиска прикрепляемого результата, затем выберете один из предложенных и нажмите кнопку "Добавить".