ИСТИНА

Разработка технологии малоинвазивной диагностики онкологического заболевания у пациентов с глиомами или фолликулярными неоплазиями щитовидной железы, основанной на жидкостной биопсии плазмы, ликвора или смывов из пункционной иглы с использованием цифровой капельной полимеразной цепной реакции. Разработка алгоритма для ускоренной детекции маркеров резистентности к антибиотикам уропатогенов

Ожидаемыми результатами следующего этапа исследования по направлению Жидкостная биопсия при онкологических заболеваниях щитовидной железы и центральной нервной систем являются: 1. Разработанная технология жидкостной биопсии плазмы и ликвора при глиомах будет усовершенствована благодаря расширению аналитической панели для выявления опухолевого компонента внеклеточной ДНК. К ней будут добавлены мишени (метилирование MGMT, мутации BRAF V600E, IDH2 R172K), которые не только часто встречаются при глиомах, что повысит диагностический потенциал технологии, но и важны для подбора оптимального химиотерапевтического препарата. 2. Будут проведены доклинические эксперименты с широкой выборкой контрольных образцов внеклеточной ДНК от здоровых добровольцев без активных онкологических заболеваний или таковых в анамнезе, направленные на установление порога ложноположительных капель эмульсии, генерируемых при проведении цифровой капельной полимеразной цепной реакции с выявлением новых мишеней. Эти данные позволят минимизировать вероятность ложноположительного выявления внеклеточной опухолевой ДНК при работе с образцами биоматериала от участников клинического исследования. 3. В ходе клинического исследования, начавшегося еще на первом этапе НИР, будет оценен диагностический потенциал разработанных технологий жидкостной биопсии при глиомах и фолликулярных неоплазиях щитовидной железы. Будут определены такие аналитические характеристики, как чувствительность и специфичность. Частота выявления тех или иных генетических альтераций будет сопоставляться с результатами генетического анализа резекционного биоматериала (при возможности таковой). Будет изучена взаимосвязь количественных результатов выявления внеклеточной опухолевой ДНК с размером новообразования. Неинвазивный/малоинвазивный характер технологии жидкостной биопсии с выявлением внеклеточной опухолевой ДНК обеспечивает ее востребованность со стороны клинических специалистов-онкологов. Заинтересованность во внедрении разрабатываемых диагностических тест-систем продемонстрировали представители Центра маммологии и эндокринной хирургии, а также отделения нейрохирургии НМХЦ им. Н.И. Пирогова. по направлению «Разработка подходов для быстрой идентификации и определения чувствительности к антибиотикам у возбудителей инфекций мочевыводящих путей»: 1. Разработанный алгоритм ускоренной идентификации уропатогенов из мочи будет дополнен методикой детекции генов резистентности. Данный алгоритм может применяться в любых бактериологических лабораториях, оснащенных автоматическими бактериологическими анализаторами для бактериологического посева на стерильность мочи и биологических жидкостей человека и амплификаторами нуклеиновых кислот. 2. Будут определены аналитические характеристики, такие как чувствительность и специфичность, ускоренного культурального исследования мочи с помощью автоматического анализатора на большом объеме биоматериала, что позволит оценить возможность и целесообразность использования этой методики у разных групп пациентов.

На середину 2023 года в клинические исследования включено 25 пациентов с глиомами (WHO grade 2-4), была отработана цифровая капельная ПЦР при выявлении внеклеточной опухолевой ДНК с мутациями промотора TERT 288C>T и 250C>T; NRAS Q61R, Q6L, Q61K, Q61H (183A>C) и Q61H (183A>T); BRAF V600E; IDH1 R132H. Установлено отсутствие отличий между уровнями внеклеточной ДНК в парных образцах плазмы и ликвора. В образцах плазмы не обнаружена внеклеточная опухолевая ДНК, она была выявлена в 4/11 образцах ликвора (фракции мутантного аллеля: 12,8%; 10,2%, 3,1%, 0,5%). В этих образцах проводился анализ мутаций промотора TERT 288C>T и 250C>T и IDH1 R132H. В 9 образцах от пациентов с фолликулярными неоплазиями установлено отсутствие отличий между уровнями внеклеточной ДНК в образцах биопсии и плазмы. В образцах проводился анализ мутаций промотора TERT 288C>T и 250C>T; NRAS Q61R, Q6L, Q61K, Q61H (183A>C) и Q61H (183A>T). Внеклеточная опухолевая ДНК была выявлена лишь в одном парном образце плазма-смыв. На середину 2023 года в исследования было включено 155 образцов мочи. По данным культурального метода было получено 106 положительных образцов, из которых 52 образца были с монокультурой. Всего выделено 186 изолятов, в спектре микроорганизмов преобладали E. faecalis 23,66%, E. соli 17,74%, значительную долю составили сомнительные возбудители мочевых инфекций (коагулазонегативные стафилококки 19,89%). В 65 образцах был выявлен рост микроорганизмов. Таким образом, 41 из 106 положительных культур не были выявлены при использовании автоматического анализатора, причем только в 6 из них были обнаружены первичные уропатогены. Ускоренная идентификация была выполнена для 62 образцов биоматериала, из них в 49 был получен результат идентификации микроорганизмов, в остальных случаях результаты быстрой идентификации были недостоверными. Таким образом, чувствительность метода ускоренного культивирования с использованием анализатора составила 60,38%, специфичность – 97,96%.