ИСТИНА

Кирилин Евгений Михайлович пользователь

МГУ имени М.В. Ломоносова, Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского, Отдел биокинетики, научный сотрудник, с 1 июня 2021

МГУ имени М.В. Ломоносова, Научно-исследовательский вычислительный центр, 4.07.Лаборатория информатики, младший научный сотрудник, с 1 апреля 2021, по совместительству

Прежние места работы (Нажмите для отображения)

Соавторы: Швядас В.К., Суплатов Д.А., Бохян Б.Ю., Якубовская М.Г., Лалетина Л.А., Фетисов Т.И., Кирсанов К.И., Лесовая Е.А., Моисеева Н.И., Нузум Л.Я., Щербаков А.М., Белицкий Г.А., Дробот В.В. показать полностью..., Козлов Н.А., Маникайло А.Е., Мехеда Л.В., Морозова О.В., Панин Н.В., Kudryavtsev P.A., Makhmudova L.F., Manikaylo A.E., TAKHAVEYEV V., Trukhanova L., Vilkova A.S., Zinovieva V.Y., Антошина Е.Е., Буров Д.А., Горькова Т.Г., Зиновьева В.А., Кирсанов Е.А., Коннов С.И., Копылов К.Е., Подшивалов Д.Д., Починок И.В., Сорокин Д.В., Щербакова Т.А., Adriana P., Alejandro G., Alessandro B., Alessandro L., Alexander J., Andrea C., Andrew W., Angelos M., Bernd E., Bolhuis P.G., Carla M., Carlo C., Cristina P., David Q., Davide B., Davide D., Davide P., Elena P., Fabio P., Fabrizio M., Federico G., Ferguson A.L., Francesco C., Francesco L.G., Fraser J.S., Gabriele C.S., Giovanni B., GiovanniMaria P., Haochuan C., Haohao F., Heller G.T., Hocky G.M., Jakub R., Jelfs K.E., Jim P., Jiří Š., Kresten L., Layla M., Marcella I., Marco D., Marco N., Marta F., Massimiliano B., Matteo M., Matteo S., Mattia B., Michele C., Michele I., Michele P., Michele V., Omar V., Pablo P., Paolo C., Paolo R., Pavel B., Piero G., Pratyush T., Ralf M., Riccardo C., Sandip D., Sandro B., Silvio P., Stefano R., Swenson D.W., Tetsuya M., Thomas L., Toni G., Tribello G.A., Vittorio L., Vojtěch S., Voth G.A., Wei C., Алиев Ф.Г., Антошина Е.В., Арбатский М.С., Аржаник В.К., Балдин С.М., Близнюков О.П., Бочкова А.А., Горбова Т.В., Махмутова Л.А., Моисеев Н.Н., Труханова Л.С., Шалаева Д.Н., Шарапова Я.А.

20 статей, 21 доклад на конференциях, 4 тезисов докладов, 15 НИР, 7 дипломных работ, 11 курсовых работ

Количество цитирований статей в журналах по данным Web of Science: 333, Scopus: 378
РИНЦ:

IstinaResearcherID (IRID): 2400267

Деятельность

---

• Статьи в журналах

  • • 2023 Conformational transitions induced by NADH binding promote reduction half-reaction in 2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase catalytic cycle
    • Kopylov Kirill, Kirilin Evgeny, Svedas Vytas
    • в журнале Biochemical and Biophysical Research Communications, издательство Academic Press (United States), том 639, с. 77-83 DOI
  • • 2022 Analysis of Multiple Drug Resistance Mechanism in Different Types of Soft Tissue Sarcomas: Assessment of the Expression of ABC-Transporters, MVP, YB-1, and Analysis of Their Correlation with Chemosensitivity of Cancer Cells
    • Moiseeva Natalia I., Laletina Lidia A., Fetisov Timur I., Makhmudova Leyla F., Manikaylo Angelika E., Fomina Liliya Y., Burov Denis A., Lesovaya Ekaterina A., Bokhyan Beniamin Yu, Zinovieva Victoria Y., Vilkova Alice S., Mekheda Larisa V., Kozlov Nikolay A., Scherbakov Alexander M., Kirilin Evgeny M., Belitsky Gennady A., Yakubovskaya Marianna G., Kirsanov Kirill I.
    • в журнале International Journal of Molecular Sciences, издательство MDPI (Basel, Switzerland), том 23, № 6 DOI
  • • 2022 Hypoxia-related proteins VEGF A and CA IX and resistance of soft tissue sarcoma cells to chemotherapy: ex vivo pilot study
    • Scherbakov A.M., Fetisov T.I., Sorokin D.V., Zinovieva V.Yu, Moiseeva N.I., Laletina L.A., Kirilin E.M., Manikaylo A.E., Fomina L.Ya, Mekheda L.V., Bokhyan B.Yu, Lesovaya E.A., Trukhanova L.S., Gor’kova T.G., Antoshina E.E., Morozova O.V., Kirsanov K.I., Yakubovskaya M.G.
    • в журнале Advances in Molecular Oncology, том 9, № 2, с. 58-65 DOI
  • • 2022 Molecular Modeling of Penicillin Acylase Binding with a Penicillin Nucleus by High Performance Computing: Can Enzyme or its Mutants Possess β-lactamase Activity?
    • Kirilin Evgeny M., Bochkova Anna A., Panin Nikolay V., Pochinok Igor V., Švedas Vytas
    • в журнале Supercomputing Frontiers and Innovations, том 9, № 2, с. 68-78 DOI
  • • 2022 Soft Tissue Sarcoma Study: Association of Genetic Alterationsin the Apoptosis Pathways with Chemoresistance to Doxorubicin
    • Kirilin Evgeny M., Fetisov Timur I., Moiseeva Natalia I., Lesovaya Ekaterina A., Laletina Lidia A., Makhmudova Leyla F., Manikaylo Angelika E., Fomina Liliya Y., Burov Denis A., Bokhyan Beniamin Yu, Zinovieva Victoria Y., Vilkova Alice S., Mekheda Larisa V., Kozlov Nikolay A., Scherbakov Alexander M., Belitsky Gennady A., Švedas Vytas K., Kirsanov Kirill I., Yakubovskaya Marianna G.
    • в журнале Cancers, издательство MDPI (Basel, Switzerland), том 14, № 7 DOI
  • • 2022 Гипоксические белки VEGF A и CA IX и резистентность клеток сарком мягких тканей к химиопрепаратам: пилотный опыт ex vivo анализа
    • Щербаков А.М., Фетисов Т.И., Сорокин Д.В., Зиновьева В.Ю., Моисеева Н.И., Лалетина Л.А., Кирилин Е.М., Маникайло А.Е., Фомина Л.Я., Мехеда Л.В., Бохян А.Ю., Лесовая Е.А., Труханова Л.С., Горькова Т.Г., Антошина Е.Е., Морозова О.В., Кирсанов К.И., Якубовская М.Г.
    • в журнале Успехи молекулярной онкологии, издательство АБВ-пресс (М.), том 9, № 2, с. 58-65 DOI
  • 
    • 2021 PLUMED plugin integration into high performance pmemd program for enhanced molecular dynamics simulations
    • Drobot V.V., Kirilin E.M., Kopylov K.E., Pochinok I.V., Švedas V.K.
    • в журнале Supercomputing Frontiers and Innovations, том 8, № 4, с. 94-99 DOI
  • 
    • 2020 Analysis of Glycosyl-Enzyme Intermediate Formation in the Catalytic Mechanism of Influenza Virus Neuraminidase Using Molecular Modeling
    • Kirilin E.M., Švedas V.K.
    • в журнале Biochemistry (Moscow), издательство Pleiades Publishing, Ltd (Road Town, United Kingdom), том 85, № 4, с. 490-498 DOI
  • 
    • 2020 Structural Organization and Dynamic Characteristics of the Binding Site for Conformational Rearrangement Inhibitors in Hemagglutinins from H3N2 and H7N9 Influenza Viruses
    • Podshivalov D.D., Kirilin E.M., Konnov S.I., Švedas V.K.
    • в журнале Biochemistry (Moscow), издательство Pleiades Publishing, Ltd (Road Town, United Kingdom), том 85, № 4, с. 499-506 DOI
  • • 2020 Анализ траектории образования промежуточного гликозилфермента в механизме действия нейраминидазы вируса гриппа А методами молекулярного моделирования
    • Кирилин Е.М., Швядас В.К.
    • в журнале Биохимия, издательство ИКЦ «Академкнига» (Москва), том 85, № 4, с. 567-577 DOI
  • • 2020 Структурная организация и динамические характеристики участка связывания ингибиторов конформационной перестройки гемагглютинина вируса гриппа H3N2 и H7N9
    • Подшивалов Д.Д., Кирилин Е.М., Коннов С.И., Швядас В.К.
    • в журнале Биохимия, издательство ИКЦ «Академкнига» (Москва), том 85, № 4, с. 578-586 DOI
  • 
    • 2019 Promoting transparency and reproducibility in enhanced molecular simulations
    • Massimiliano Bonomi, Giovanni Bussi, Carlo Camilloni, Tribello Gareth A., Pavel Banáš, Alessandro Barducci, Mattia Bernetti, Bolhuis Peter G., Sandro Bottaro, Davide Branduardi, Riccardo Capelli, Paolo Carloni, Michele Ceriotti, Andrea Cesari, Haochuan Chen, Wei Chen, Francesco Colizzi, Sandip De, Marco De La Pierre, Davide Donadio, Viktor Drobot, Bernd Ensing, Ferguson Andrew L., Marta Filizola, Fraser James S., Haohao Fu, Piero Gasparotto, Francesco Luigi Gervasio, Federico Giberti, Alejandro Gil-Ley, Toni Giorgino, Heller Gabriella T., Hocky Glen M., Marcella Iannuzzi, Michele Invernizzi, Jelfs Kim E., Alexander Jussupow, Evgeny Kirilin, Alessandro Laio, Vittorio Limongelli, Kresten Lindorff-Larsen, Thomas Löhr, Fabrizio Marinelli, Layla Martin-Samos, Matteo Masetti, Ralf Meyer, Angelos Michaelides, Carla Molteni, Tetsuya Morishita, Marco Nava, Cristina Paissoni, Elena Papaleo, Michele Parrinello, Jim Pfaendtner, Pablo Piaggi, GiovanniMaria Piccini, Adriana Pietropaolo, Fabio Pietrucci, Silvio Pipolo, Davide Provasi, David Quigley, Paolo Raiteri, Stefano Raniolo, Jakub Rydzewski, Matteo Salvalaglio, Gabriele Cesare Sosso, Vojtěch Spiwok, Jiří Šponer, Swenson David W.H, Pratyush Tiwary, Omar Valsson, Michele Vendruscolo, Voth Gregory A., Andrew White
    • в журнале Nature Methods, издательство Nature Publishing Group (United Kingdom), том 16, № 8, с. 670-673 DOI
  • 
    • 2018 Study of the Conformational Variety of the Oligosaccharide Substrates of Neuraminidases from Pathogens using Molecular Modeling
    • Kirilin E.M., Švedas V.K.
    • в журнале Moscow University Chemistry Bulletin, издательство Allerton Press Inc. (United States), том 73, № 1, с. 39-45 DOI
  • • 2018 Исследование спектра конформационных состояний олигосахаридных субстратов нейраминидаз патогенов методами молекулярного моделирования
    • Кирилин Е.М., Швядас В.К.
    • в журнале Вестник Московского университета. Серия 2: Химия, издательство Издательский дом МГУ (Москва), № 2, с. 117-124
  • 
    • 2014 Bioinformatic analysis of protein families for identification of variable amino acid residues responsible for functional diversity
    • Suplatov D., Shalaeva D., Kirilin E., Arzhanik V., Švedas V.
    • в журнале Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, издательство Adenine Press (United States), том 32, № 1, с. 75-87 DOI
  • 
    • 2014 Computational Design of a pH Stable Enzyme: Understanding Molecular Mechanism of Penicillin Acylase's Adaptation to Alkaline Conditions
    • Suplatov D., Panin N., Kirilin E., Shcherbakova T., Kudryavtsev P., Švedas V.
    • в журнале PLoS ONE, издательство Public Library of Science (United States), том 9, № 6, с. e100643 DOI
  • 
    • 2014 Zebra: a web server for bioinformatic analysis of diverse protein families
    • Suplatov D., Kirilin E., Takhaveev V., Svedas V.
    • в журнале Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, издательство Adenine Press (United States), том 32, № 11, с. 1752-1758 DOI
  • 
    • 2014 pocketZebra: a web-server for automated selection and classification of subfamily-specific binding sites by bioinformatic analysis of diverse protein families
    • Suplatov D., Kirilin E., Arbatsky M., Takhaveev V., Švedas V.
    • в журнале Nucleic Acids Research, издательство Oxford University Press (United Kingdom), том 42, № 1, с. 344-349 DOI
  • 
    • 2013 Bioinformatic analysis and molecular modeling reveal mutation bD484N to stabilize penicillin acylase and improve its catalytic performance in alkaline medium
    • Panin N., Suplatov D., Kirilin E., Shcherbakova T., Kudravtsev P., Švedas V.
    • в журнале FEBS Journal, издательство Blackwell Publishing Inc. (United Kingdom), том 280, № 1, с. 614 DOI

• Статьи в сборниках

  • • 2016 Bioinformatic analysis of protein families to select function-related variable positions
    • Suplatov D., Kirilin E., Švedas V.
    • в сборнике Understanding Enzymes: Function, Design, Engineering and Analysis (ed. Allan Svendsen), место издания Pan Stanford Publishing, с. 351-385 DOI

• Доклады на конференциях

  • • 2023 Моделирование структуры подвижных участков белка с помощью GPU-ускоренной метадинамики с коллективными переменными на основе вариационных автоэнкодеров (Стендовый)
    • Авторы: Копылов К.Е., Кирилин Е.М., Швядас В.К.
    • IX ежегодная Междунароная конференция "Суперкомпьютерные дни в России", Москва, МГУ имени М.В. Ломоносова, Россия, 25-26 сентября 2023
  • • 2023 ИЗУЧЕНИЕ МЕХАНИЗМА ДЕЙСТВИЯ ПЕНИЦИЛЛИНАЦИЛАЗ: ОТ КИНЕТИЧЕСКИХ ИССЛЕДОВАНИЙ ДО БИОИНФОРМАТИЧЕСКОГО АНАЛИЗА СЕМЕЙСТВА И МОЛЕКУЛЯРНОГО МОДЕЛИРОВАНИЯ (Пленарный)
    • Авторы: Швядас В.К., Панин Н.В., Гуранда Д.Ф., Никулин М.В., Кирилин Е.М.
    • 13-я Международная научная конференция «Биокатализ. Фундаментальные исследования и применения (БИОКАТАЛИЗ-2023)», Суздаль, 25-29 июня 2023 г., Суздаль, Россия, 25-29 июня 2023
  • • 2023 РАЗВИТИЕ ХЕМОЭНЗИМАТИЧЕСКОГО ПОТЕНЦИАЛА ПЕНИЦИЛЛИНАЦИЛАЗЫ ДЛЯ ПОЛУЧЕНИЯ НОВЫХ АНТИБИОТИКОВ: КИНЕТИКА И ОПТИМИЗАЦИЯ ФЕРМЕНТАТИВНОГО N-БРОМАЦЕТИЛИРОВАНИЯ БЕТА-ЛАКТАМОВ (Стендовый)
    • Авторы: Панин Н.В., Тюрин Е.С., Никулин М.В., Дробот В.В., Кирилин Е.М., Швядас В.К.
    • 13-я Международная научная конференция «Биокатализ. Фундаментальные исследования и применения (БИОКАТАЛИЗ-2023)», Суздаль, 25-29 июня 2023 г., Суздаль, Россия, 25-29 июня 2023
  • • 2022 Study of the early stage structural rearrangement of H3N2 influenza virus hemagglutinin subunit HA2 during fusion with a host cell (Устный)
    • Авторы: Podshivalov D.D., Kirilin E.M., Konnov S.I., Švedas V.K.
    • BIOINFORMATICS AND COMPUTER-AIDED DRUG DISCOVERY, Москва, Россия, 24-26 мая 2022
  • • 2022 Дизайн селективных ингибиторов ферментов на основе биоинформатического анализа суперсемейств и компьютерного моделирования (Устный)
    • Авторы: Швядас В.К., Суплатов Д.А., Нилов Д.К., Кирилин Е.М.
    • 5-я Российская конференция МедХим-Россия 2021, Волгоград, Россия, 16-19 мая 2022
  • • 2022 Изучение конформационного перехода гемагглютинина вируса гриппа H3N2 методами молекулярной динамики (Устный)
    • Авторы: Коннов С.И., Кирилин Е.М., Швядас В.К.
    • 25-ая Пущинская школа-конференция молодых ученых с международным участием «БИОЛОГИЯ – НАУКА XXI ВЕКА», Пущино, Россия, 18-22 апреля 2022
  • • 2020 Использование MPI- и GPU-ускоренного комбинированного метода квантовой механики, молекулярной механики и метадинамики для моделирования стадии окисления субстрата в каталитическом цикле 2-гидроксибифенил-3-монооксигеназы из Pseudomonas azelaica (Стендовый)
    • Авторы: Копылов К.Е., Кирилин Е.М., Швядас В.К.
    • Суперкомпьютерные дни в России 2020, Москва, Россия, 21-22 сентября 2020
  • • 2019 Catalytic processing of human type receptors by H5N1 Influenza neuraminidase using molecular modeling (Стендовый)
    • Авторы: Kirilin E.M., Svedas V.K.
    • 12th International Conference “Biocatalysis: Fundamentals and Applications”, Санкт Петербург, Россия, 24-28 июня 2019
  • • 2019 Investigating dynamic characteristics of the binding pocket in the influenza hemagglutinin (Стендовый)
    • Авторы: Podshivalov D.D., Kirilin E.M., Konnov S.I., Svedas V.K.
    • 12th International Conference “Biocatalysis: Fundamentals and Applications”, Санкт Петербург, Россия, 24-28 июня 2019
  • • 2019 Knowledge-based modulation of enzyme functional properties (Пленарный)
    • Авторы: Suplatov D.A., Sharapova Y.A., Drobot V.V., Kirilin E.M., Švedas V.K.
    • 12th International Conference “Biocatalysis: Fundamentals and Applications”, Санкт Петербург, Россия, 24-28 июня 2019
  • • 2019 Modeling of substrate binding with L,D-transpeptidase 2 from Mycobacterium tuberculosis by advanced metadynamics (Стендовый)
    • Авторы: Baldin S.M., Kirilin E.M., Švedas V.K.
    • 12th International Conference “Biocatalysis: Fundamentals and Applications”, Санкт Петербург, Россия, 24-28 июня 2019
  • • 2019 Molecular modeling of penicillin acylase mutant with increased specificity to bromoacetamide as acyl donor (Стендовый)
    • Авторы: Дробот В.В., Швядас В.К., Панин Н.В., Кирилин Е.М.
    • 12th International Conference “Biocatalysis: Fundamentals and Applications”, Санкт Петербург, Россия, 24-28 июня 2019
  • • 2018 Computer-aided study of umifenovir binding by the Influenza hemagglutinin (Стендовый)
    • Авторы: Podshivalov D.D., Kirilin E.M., Švedas V.K.
    • Biomembranes 2018. International conference. October 1-5, 2018, Dolgoprudny, Московский физико-технический институт (гос. университет), Долгопрудный, Россия, 1-5 октября 2018
  • • 2018 Conformational analysis of sialic acid in its p-nitrophenyl and lactose derivatives bound to influenza membrane neuraminidase active site (Стендовый)
    • Авторы: Kirilin E.M., Podshivalov D.D., Švedas V.K.
    • Biomembranes 2018. International conference. October 1-5, 2018, Dolgoprudny, Московский физико-технический институт (гос. университет), Долгопрудный, Россия, 1-5 октября 2018
  • • 2015 Characterization of functionally important binding sites of enzymes by bioinformatic analysis of diverse protein families (Стендовый)
    • Авторы: Kirillin E., Švedas V., Suplatov D.
    • Enzyme Engineering XXIII, St. Petersburg, Florida, США, 6-11 сентября 2015
  • • 2013 Rational design of penicillin acylase based on bioinformatic analysis and molecular modeling to improve enzyme catalytic performance in alkaline medium
    • Авторы: Suplatov D., Panin N., Švedas V., Shcherbakova T., Kudravtsev P., Kirilin E.
    • Enzyme Engineering XXII, 2013, September 22-26, Japan (Toyama), Japan (Toyama), Япония, 2013
  • • 2013 Zebra: web-server for bioinformatic analysis of large protein superfamilies to identify variable amino acid residues responsible for functional diversity
    • Авторы: Suplatov D., Kirilin E., Takhaveev V., Švedas V.K.
    • Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'13), Москва, МГУ, биологический факультет, Россия, 25-28 июля 2013
  • • 2013 Bioinformatic analysis and molecular modeling reveal mutation bD484N to stabilize penicillin acylase and improve its catalytic performance in alkaline medium (Стендовый)
    • Авторы: Panin N., Suplatov D., Švedas V., Shcherbakova T., Kudravtsev P., Kirilin E.
    • International Conference BIOCATALYSIS-2013: Fundamentals & Applications, July 2-5, Moscow , Москва, Россия, 2-5 июля 2013
  • • 2014 Bioinformatic analysis of glutaryl acylases to study molecular mechanisms of substrate recognition (Стендовый)
    • Авторы: Suplatov D., Kirilin E., Švedas V., Eldarov M., Takhaveev V.
    • 9th International Conference "Biocatalysis -2013: Fundamentals & Applications", July 2-5, 2013, Moscow, Россия, 2-5 июля 2013
  • • 2011 Bioinformatic analysis of function-related variable amino acid residues responsible for functional divergence of enzyme families
    • Авторы: Суплатов Д.А., Шалаева Д.Н., Кирилин Е.М., Швядас В.К., Аржаник В.К.
    • Biotrans-2011, Italy, Италия, 2011
  • • 2011 Multiple structural alignment of α/β hydrolase-fold enzymes and bioinformatic analysis of catalytically important residues (Стендовый)
    • Авторы: Аржаник В.К., Кирилин Е.М., Суплатов Д.А., Швядас В.К.
    • International Moscow Conference on Computational Molecular Biology MCCMB-2011, Russia, Moscow, Россия, 2011

• Тезисы докладов

  • • 2022 МОЛЕКУЛЯРНО-БИОЛОГИЧЕСКИЕ ХАРАКТЕРИСТИКИ САРКОМ МЯГКИХ ТКАНЕЙ ДЛЯ ПЕРСОНАЛИЗАЦИИ ХИМИОТЕРАПИИ
    • ФЕТИСОВ ТИМУР ИГОРЕВИЧ, МОИСЕЕВА Н.Н., КИРИЛИН Е.М., ЩЕРБАКОВ А.М., ЛАЛЕТИНА Л.А., МАХМУДОВА Л.Ф., МАНИКАЙЛО А.Е., АЛИЕВА Ф.У., ФОМИНА Л.Я., БОХЯН Б.Ю., ЗИНОВЬЕВА В.Ю., АНТОШИНА Е.Е., МОРОЗОВА О.В., ГОРЬКОВА Т.Г., ТРУХАНОВА Л.С., БЕЛИЦКИЙ Г.А., ЯКУБОВСКАЯ М.Г., КИРСАНОВ К.
    • в сборнике Синтетическая биология и биофармацевтика. Материалы всероссийской конференции. Новосибирск, место издания Материалы всероссийской конференции. , https://sec-ibch.ru/ Новосибирск, тезисы, с. 63-63
  • • 2021 ИЗУЧЕНИЕ МУТАЦИОННОГО ПРОФИЛЯ ПЛЕОМОРФНЫХ САРКОМ МЯГКИХ ТКАНЕЙ
    • КИРИЛИН Е.М., КИРСАНОВ К.И., БОХЯН Б.Ю., МАНИКАЙЛО А.Е., КОЗЛОВ Н.А., ЗИНОВЬЕВА В.Ю., БЛИЗНЮКОВ О.П., ЯКУБОВСКАЯ М.Г.
    • в сборнике VII Петербургский международный онкологический форум "Белые Ночи 2021". Тезисы форума. Материалы VII Петербургского международного онкологического форума, место издания Вопросы онкологии Санкт-Петербург, тезисы
  • • 2019 Knowledge-based modulation of enzyme functional properties
    • Suplatov D.A., Sharapova Y.A., Drobot V.V., Kirilin E.M., Švedas V.K.
    • в сборнике Abstracts of 12th International conference BIOCATALYSIS-2019: Fundamentals and Applications / Editor V. Tishkov - Moscow, место издания Innovations and High Technologies MSU Ltd, 2019 Moscow, тезисы, с. 25
  • • 2019 Modeling of substrate binding with L,D-transpeptidase 2 from Mycobacterium tuberculosis by advanced metadynamics
    • Baldin S.M., Kirilin E.M., Švedas V.K.
    • в сборнике Abstracts of 12th International conference BIOCATALYSIS-2019: Fundamentals and Applications / Editor V. Tishkov - Moscow, место издания Innovations and High Technologies MSU Ltd, 2019 Moscow, тезисы, с. 108

• НИРы

  • • 1 января 2022 - 31 декабря 2022 Исследование и разработка алгоритмов анализа полиморфизмов и структурных изменений в ключевых ферментах метаболизма на основе принципов системной биологии и суперкомпьютерного кодизайна
    • 4.08.Лаборатория параллельных информационных технологий
    • Руководитель: Швядас В.К. Ответственный исполнитель: Кирилин Е.М. Участники НИР: Жуматий С.А., Коннов С.И., Пушкарев С.В., Серов В.А., Сидоров И.Ю., Смирнов А.В., Стефанов К.С., Тихонравов А.В., Шоков В.Н.
  • • 17 марта 2021 - 31 декабря 2024 Разработка и реализация принципов суперкомпьютерного кодизайна для развития сквозных цифровых технологий и создания высокопроизводительных вычислительных платформ для предсказательного моделирования и применения искусственного интеллекта: от микромира, до живых организмов и Земной системы
    • 4.07.Лаборатория информатики
    • Руководитель: Швядас В.К. Ответственные исполнители: Антонов А.С., Воеводин В.В., Кирилин Е.М. Участники НИР: Балдин С.М., Богомолов В.Ю., Варенцов А.И., Воеводин В.В., Волков Е.В., Гащук Е.М., Дебольский А.В., Добров Б.В., Дробот В.В., Жуматий С.А., Игнатенко А.П., Кирилин Е.М., Коннов С.И., Копылов К.Е., Лукашевич Н.В., Лыкосов В.Н., Медведев А.И., Молокоедов В.С., Мортиков Е.В., Нилов Д.К., Панин Н.В., Поддъяков И.Д., Подшивалов Д.Д., Полюхов А.А., Попов С.М., Пушкарев С.В., Рубцова Ю.В., Серов В.А., Сидоров И.Ю., Смирнов А.В., Смирнов В.А., Степаненко В.М., Стефанов К.С., Суязова В.И., Тихомиров М.М., Чернышев Д.И., Чернышев Р.В., Чухарев Ф.С., Шайхисламов Д.И., Шоков В.Н., Щербакова Т.А., Яковлев Р.В.
  • • 1 января 2021 - 31 декабря 2025 Разработка программных средств поддержки жизненного цикла и обеспечения эффективности суперкомпьютерных приложений, систем и центров
    • 4.08.Лаборатория параллельных информационных технологий
    • Руководитель: Воеводин В.В. Ответственные исполнители: Антонов А.С., Воеводин В.В., Соболев С.И. Участники НИР: Антонова А.П., Афанасьев И.В., Балдин С.М., Винокуров В.И., Винокуров В.И., Гамаюнова Т.С., Герасимова А.А., Домрачева Д.А., Дробот В.В., Жуматий С.А., Кирилин Е.М., Копылов К.Е., Крымский С.А., Кулагин А.В., Кулагин А.В., Кулагин А.В., Кулагин А.В., Кулагин А.В., Лалетина А.А., Леоненков С.Н., Личманов Д.И., Лутков Г.А., Майер Р.В., Макарова-Землянская Т.Б., Матвеев А.Д., Мещеряков А.О., Мокров К.С., Никитенко Д.А., Нилов Д.К., Паокин А.В., Попов С.М., Разлогова Е.Э., Рощина О.П., Сетяев А.В., Сетяев А.В., Сидоров И.Ю., Степанов Д.А., Стефанов К.С., Тарумова Н.Т., Тимошкин М.А., Тыркалов Е.О., Фатеев И.Д., Худолеева А.А., Шайхисламов Д.И., Швец П.А., Швядас В.К., Шоков В.Н.
  • • 12 марта 2020 - 26 декабря 2022 Модуляция функциональных свойств пенциллинацилазы
    • Факультет биоинженерии и биоинформатики
    • Руководитель: Швядас В.К. Ответственные исполнители: Гуранда Д.Ф., Кирилин Е.М., Никулин М.В. Участники НИР: Бочкова А.А., Гуранда Д.Ф., Дробот В.В., Морозова И.А., Никулин М.В., Шаповалова И.В.
  • • 1 января 2020 - 31 декабря 2023 Методы структурирования трудноформализуемых предметных областей на основе автоматизированного формирования больших графов знаний и онтологий по разнородным потокам текстовых данных
    • 4.04.Лаборатория анализа информационных ресурсов
    • Руководитель: Добров Б.В. Ответственный исполнитель: Лукашевич Н.В. Участники НИР: Артемова Е.Л., Архипенко К.В., Балдин С.М., Батура Т.В., Болдырев И.А., Браславский П.И., Быстрицкий Д.К., Быстрицкий Н.Д., Волков Е.В., Герасимова А.А., Гращенков П.В., Дробот В.В., Иванов В.В., Кирилин Е.М., Коннов С.И., Копылов К.Е., Кремнева М.Д., Лютикова Е.А., Майоров В.Д., Макаров-Землянский Н.В., Мячина А.В., Нилов Д.К., Подшивалов Д.Д., Пушкарев С.В., Рубцова Ю.В., Сидоров А.В., Скворцов Н.А., Смирнов В.А., Тихомиров М.М., Тутубалина Е.В., Чернышев Д.И., Чухарев Ф.С., Швядас В.К., Шелманов А.О., Штернов С.В.
  • • 1 января 2019 - 31 декабря 2025 Поиск регуляторов биологических процессов, воздействующих на белки, ферменты, полиферментные комплексы и рецепторные системы
    • Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского
    • Руководитель: Швядас В.К. Ответственный исполнитель: Муронец В.И. Участники НИР: Алешин В.А., Артюхов А.В., Астахова А.А., Балдин С.М., Баринова К.В., Безуглов В.С., Буник-Фаренвальд В.И., Вирясов М.Б., Вирясова Г.М., Голенкина Е.А., Гуранда Д.Ф., Дарбинян Т.Г., Дробот В.В., Калмыков П.В., Кирилин Е.М., Кочетов Г.А., Кудрявцева С.С., Кузнеченкова Е.Ю., Курочкина Л.П., Магретова Н.Н., Мельникова А.К., Мичурина В.Н., Никулин М.В., Нилов Д.К., Орлов В.Н., Панин Н.В., Панина (Вавилова) А.М., Пирожкова Е.Б., Позднякова Н.В., Поздышев Д.В., Романов А.В., Севостьянова И.А., Семенюк П.И., Сергеева М.Г., Соловьев В.В., Соловьева О.Н., Стройлова Ю.Ю., Судьина Г.Ф., Суплатов Д.А., Тимонина Д.С., Успенская Т.В., Чистяков Д.В., Шарапова Я.А., Шмальгаузен Е.В., Щербакова Т.А.
  • • 12 апреля 2018 - 31 декабря 2019 Изучение особенностей структурной организации центров связывания в ферментах патогенов и разработка новых антибиотиков для лечения заболеваний нижних дыхательных путей с использованием системных подходов биоинформатики и молекулярного моделирования
    • Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского
    • Руководитель: Швядас В.К. Ответственные исполнители: Нилов Д.К., Суплатов Д.А., Щербакова Т.А. Участники НИР: Балдин С.М., Гущина И.В., Дробот В.В., Кирилин Е.М., Шарапова Я.А., Шмальгаузен Е.В.
  • • 22 марта 2018 - 22 марта 2020 Изучение субстратной специфичности нейраминидаз вируса гриппа методами молекулярного моделирования и биоинформатики
    • Отдел биокинетики
    • Руководитель: Кирилин Е.М.
  • • 22 марта 2018 - 22 марта 2020 Изучение субстратной специфичности нейраминидаз вируса гриппа методами молекулярного моделирования и биоинформатики
    • Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского
    • Руководитель: Кирилин Е.М.
  • • 1 января 2018 - 31 декабря 2021 ФУНДАМЕНТАЛЬНЫЕ ПРОБЛЕМЫ ДИАГНОСТИКИ И ЛЕЧЕНИЯ ОНКОЛОГИЧЕСКИХ ЗАБОЛЕВАНИЙ
    • Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный медицинский исследовательский центр онкологии имени Н.Н. Блохина" Министерства здравоохранения Российской Федераци
    • Руководитель: Якубовская М.Г. Ответственный исполнитель: Нузум Л.Я. Участники НИР: Белицкий Г.А., Бохян Б.Ю., Кирилин Е.М., Кирсанов К.И., Лалетина Л.А., Лесовая Е.А., Моисеева Н.И., Фетисов Т.И., Шатская В.А., Якубовская М.Г.
  • • 1 января 2018 - 31 декабря 2019 Молекулярно-биологические характеристики сарком мягких тканей для персонализации химиотерапии
    • Федеральное государственное бюджетное учреждение "Национальный медицинский исследовательский центр онкологии имени Н.Н. Блохина" Министерства здравоохранения Российской Федераци
    • Руководитель: Якубовская М.Г. Ответственный исполнитель: Нузум Л.Я. Участники НИР: Белицкий Г.А., Бохян Б.Ю., Кирилин Е.М., Кирсанов К.И., Лалетина Л.А., Лесовая Е.А., Моисеева Н.И., Фетисов Т.И., Шатская В.А., Якубовская М.Г.
  • • 5 мая 2017 - 31 декабря 2021 Ядерная ламина как потенциальная мишень для ингибирования метастазирования злокачественных опухолей
    • Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского
    • Руководитель: Киреев И.И. Ответственные исполнители: Голышев С.А., Кирилин Е.М., Лаврушкина С.В., Овсянникова Н.Л., Стрелкова О.С. Участники НИР: Жиронкина О.А., Стрелкова О.С., Черепанинец В.Д.
  • • 26 мая 2015 - 15 декабря 2017 Изучение особенностей структурной организации центров связывания в ферментах патогенов и разработка новых антибиотиков для лечения заболеваний нижних дыхательных путей с использованием системных подходов биоинформатики и молекулярного моделирования
    • Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского
    • Руководитель: Швядас В.К. Участники НИР: Балдин С.М., Кирилин Е.М., Мешалкина Л.Е., Нилов Д.К., Семенюк П.И., Суплатов Д.А., Шарапова Я.А., Шмальгаузен Е.В., Щербакова Т.А.
  • • 1 января 2014 - 31 декабря 2018 Центр биомедицинских исследований, Компонент по инфекционным заболеваниям
    • Отдел биокинетики
    • Руководитель: Швядас В.К. Участники НИР: Балдин С.М., Кирилин Е.М., Мисюра Н.М., Муронец В.И., Никулин М.В., Нилов Д.К., Панин Н.В., Суплатов Д.А., Успенская Т.В., Халиуллин И.Г., Шаповалова И.В., Щербакова Т.А.
  • • 1 января 2013 - 31 декабря 2018 Управление биологическими процессами путем воздействия низкомолекулярными регуляторами на ферменты, полиферментные комплексы, рецепторные системы и другие супрамолекулярные структуры
    • Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского
    • Руководитель: Швядас В.К. Участники НИР: Астахова А.А., Балдин С.М., Буник-Фаренвальд В.И., Вирясова Г.М., Голенкина Е.А., Гуранда Д.Ф., Дарбинян Т.Г., Дробот В.В., Загряжская А.Н., Кирилин Е.М., Ливенский А.Д., Никулин М.В., Нилов Д.К., Панин Н.В., Пирожкова Е.Б., Сергеева М.Г., Судьина Г.Ф., Суплатов Д.А., Успенская Т.В., Чистяков Д.В., Щербакова Т.А.

• Руководство дипломными работами

  • • 2023 Изучение механизма действия поли(ADP-рибозо)полимеразы 1 с использованием методов биоинформатики и молекулярного моделирования
    • Научные руководители: Нилов Д.К., Кирилин Е.М.
    • Автор: Пушкарев С.В. (Специалист)
  • • 2021 Молекулярное моделирование доставки нуклеофила в активный центр пенициллинацилазы и реакционной способности комплекса ацилфермента с 6-аминопенициллановой кислотой
    • Научные руководители: Кирилин Е.М., Швядас В.К.
    • Автор: Архипова Татьяна Игоревна (Специалист)
  • • 2018 Молекулярное моделирование ацильного переноса на ядра бета-лактамных антибиотиков, катализируемого пенициллинацилазой
    • Научные руководители: Кирилин Е.М., Швядас В.К.
    • Автор: Дробот В. В. (Специалист)
  • • 2016 Анализ механизма распознавания нейраминидазой вируса гриппа H1N1 олигосахаридного субстрата методами молекулярного моделирования
    • Научные руководители: Кирилин Е.М., Швядас В.К.
    • Автор: Сигорских Андрей Иванович (Бакалавр)
  • • 2015 Изучение функционального баланса гемагглютинина и нейраминидазы вируса гриппа методами биоинформатики
    • Научные руководители: Кирилин Е.М., Швядас В.К.
    • Автор: Мнев Владислав Игоревич (Бакалавр)
  • • 2014 Изучение особенностей распознавания олигосахаридных субстратов нейраминидазой вируса гриппа А методами молекулярного моделирования
    • Научные руководители: Швядас В.К., Кирилин Е.М.
    • Автор: Сафина Ксения Радиковна (Бакалавр)
  • • 2013 Использование методов биоинформатического анализа для идентификации аминокислотных остатков, ответственных за специфичное связывание рецептора нейраминидазой вируса гриппа А
    • Научные руководители: Кирилин Е.М., Швядас В.К.
    • Автор: Сафина Ксения Радиковна (Бакалавр)

• Руководство курсовыми работами

  • • 2022 Разнообразие физико-химических свойств участка связывания субстрата в Ntn-гидролазах
    • Научные руководители: Кирилин Е.М., Швядас В.К.
    • Автор: Компаниец М.А. (Специалист)
  • • 2022 Поиск патогенных мутаций ферментов в онкогенезе с использованием биоинформатического анализа суперсемейств белков человека
    • Научные руководители: Кирилин Е.М., Швядас В.К.
    • Автор: Коннов С.И. (Специалист)
  • • 2022 Определение характеристических колебательных движений нуклеофильной группы в активных центрах Ntn-гидролаз
    • Научные руководители: Кирилин Е.М., Швядас В.К.
    • Автор: Кузнеченкова Е.Ю. (Специалист)
  • • 2022 Моделирование механизма фермента репарации ДНК ПАРП-1
    • Научные руководители: Нилов Д.К., Кирилин Е.М.
    • Автор: Пушкарев С.В. (Специалист)
  • • 2022 Возможно ли качественно улучшить оценку схожести каталитических сайтов ферментов методами машинного обучения за счет использования алгоритмов расчета макромолекулярной электростатики?
    • Научные руководители: Кирилин Е.М., Швядас В.К.
    • Автор: Поддъяков И.Д. (Специалист)
  • • 2021 Изучение сайтов нецелевого связывания ингибиторов в суперсемействах белков с использованием нейронных сетей
    • Научные руководители: Кирилин Е.М., Швядас В.К.
    • Автор: Поддъяков И.Д. (Специалист)
  • • 2021 Изучение конформационных переходов вирусных белков слияния мембран методами молекулярной динамики
    • Научные руководители: Кирилин Е.М., Швядас В.К.
    • Автор: Коннов С.И. (Специалист)
  • • 2020 Изучение структурной перестройки гемагглютинина вируса гриппа H3N2 методами молекулярной динамики
    • Научные руководители: Кирилин Е.М., Швядас В.К.
    • Автор: Коннов С.И. (Специалист)
  • • 2020 Изучение динамических характеристик сайтов связывания белков методами молекулярного моделирования
    • Научные руководители: Кирилин Е.М., Швядас В.К.
    • Автор: Поддъяков И.Д. (Специалист)
  • • 2019 Изучение потенциальных сайтов связывания ингибиторов в гемагглютинине вируса гриппа H3N2
    • Научные руководители: Кирилин Е.М., Швядас В.К.
    • Автор: Коннов С.И. (Специалист)
  • • 2019 Изучение инактивации пенициллинацилазы из E.coli под действием галогенацильных доноров
    • Научные руководители: Дробот В.В., Кирилин Е.М.
    • Автор: Головина Д. И. (Специалист)

---