ИСТИНА

Суплатов Дмитрий Андреевич пользователь

кандидат химических наук с 2011 года

Прежние места работы (Нажмите для отображения)

Соавторы: Швядас В.К., Попова Н.Н., Шарапова Я.А., Воеводин В.В., Копылов К.Е., Шегай М.В., Кирилин Е.М., Тимонина Д.С., Панин Н.В., Тимохин И.А., Fesko K., Щербакова Т.А., Bezsudnova E.Y. показать полностью..., Аржаник В.К., Мазеев А.В., Попов В.О., Халиуллин И.Г., Kudryavtsev P.A., Rakitina T.V., TAKHAVEYEV V., Асано Я., Дробот В.В., Злобин А.С., Муронец В.И., Нилов Д.К., Шалаева Д.Н., Шаповалова И.В., Шмальгаузен Е.В., Besenmatter W., Boiko K.M., Himi M., Lyashenko A., Nikolaeva A., Nikolaeva A., Stekhanova T.N., Svendsen A., Tokunan K., Zeifman Y.S., Арбатский М.С., Балдин С.М., Бойко К.М., Герасева Е.П., Гущина И.В., Жуматий С.А., Куимов А.Н., Манасарян Г.А., Марданов А.В., Мисюра Н.М., Оцука М., Поленова А.М., Пушкарев С.В., Равин Н.В., Тахавеев В.А., Эльдаров М.А.

61 статья, 62 доклада на конференциях, 6 тезисов докладов, 15 НИР, 2 патента, 1 диссертация, 4 дипломные работы, 34 курсовые работы, 4 учебных курса

Количество цитирований статей в журналах по данным Web of Science: 379, Scopus: 376
РИНЦ:

IstinaResearcherID (IRID): 2314503

ResearcherID: A-4878-2015

Scopus Author ID: 55453900200

ORCID: 0000-0002-7054-3487

Деятельность

---

• Статьи в журналах

  • • 2022 Analysis of Multiple Protein Alignments Using 3D-Structural Information on the Orientation of Amino Acid Side-Chains
    • Timonina D.S., Suplatov D.A.
    • в журнале Molecular Biology, издательство Maik Nauka/Interperiodica Publishing (Russian Federation), том 56, № 4, с. 610-615 DOI
  • • 2022 Efficient GPU Implementation of AFP-Based Algorithmsto Accelerate Comparative Bioinformatic Analysisof Protein Structures in 3D-Space
    • Timokhin I.A., Popova N.N., Suplatov D.A.
    • в журнале Lobachevskii Journal of Mathematics, издательство Kazanskii Gosudarstvennyi Universitet/Kazan State University (Russian Federation), том 43, № 4, с. 904-915 DOI
  • 
    • 2022 Loop 422–437 in NanA from Streptococcus pneumoniae plays the role of an active site lid and is associated with allosteric regulation
    • Sharapova Yana, Suplatov Dmitry
    • в журнале Computers in Biology and Medicine, издательство Pergamon Press Ltd. (United Kingdom), том 144, с. 105290 DOI
  • • 2022 Анализ множественных выравниваний белков с использованием 3D-структурной информации по ориентации боковых цепей аминокислот
    • Тимонина Д.С., Суплатов Д.А.
    • в журнале Молекулярная биология, том 56, № 4, с. 663-670 DOI
  • 
    • 2021 Bioinformatic analysis of subfamily-specific regions in 3D-structures of homologs to study functional diversity and conformational plasticity in protein superfamilies
    • Timonina Daria, Sharapova Yana, Švedas Vytas, Suplatov Dmitry
    • в журнале Computational and Structural Biotechnology Journal, том 19, с. 1302-1311 DOI
  • 
    • 2021 Bioinformatic analysis of the nicotinamide binding site in poly(ADP-ribose) polymerase family proteins
    • Manasaryan G., Suplatov D., Pushkarev S., Drobot V., Kuimov A., Švedas V., Nilov D.
    • в журнале Cancers, издательство MDPI (Basel, Switzerland), том 13, № 6 DOI
  • • 2021 Co-designing HPC-systems by computing capabilities and management flexibility to accommodate bioinformatic workflows at different complexity levels
    • Suplatov Dmitry, Shegay Maxim, Sharapova Yana, Timokhin Ivan, Popova Nina, Voevodin Vladimir, Švedas Vytas
    • в журнале Journal of Supercomputing, издательство Springer Nature (Switzerland) DOI
  • • 2021 Guide Tree Optimization with Genetic Algorithm to Improve Multiple Protein 3D-structure Alignment
    • Shegay Maksim, Svedas Vytas, Voevodin Vladimir, Suplatov Dmitry, Popova Nina
    • в журнале Bioinformatics, издательство Oxford University Press (United Kingdom) DOI
  • 
    • 2021 Mustguseal and Sister Web-Methods: A Practical Guide to Bioinformatic Analysis of Protein Superfamilies
    • Suplatov Dmitry, Sharapova Yana, Švedas Vytas
    • в журнале Methods in molecular biology (Clifton, N.J.), издательство Humana Press, Inc. (United States), том 2231, с. 179-200 DOI
  • 
    • 2021 Probing the role of the residues in the active site of the transaminase from Thermobaculum terrenum
    • Bezsudnova E.Yu, Nikolaeva A.Yu, Bakunova A.K., Rakitina T.V., Suplatov D.A., Popov V.O., Boyko K.M.
    • в журнале PLoS ONE, издательство Public Library of Science (United States), том 16, № 7, с. 0255098 DOI
  • 
    • 2020 Catalytic and Lectin Domains in Neuraminidase A from Streptococcus pneumoniae are Capable of an Intermolecular Assembly: Implications for Biofilm Formation
    • Sharapova Yana, Svedas Vytas, Suplatov Dmitry
    • в журнале FEBS Journal, издательство Blackwell Publishing Inc. (United Kingdom) DOI
  • • 2020 Zebra2: advanced and easy-to-use web-server for bioinformatic analysis of subfamily-specific and conserved positions in diverse protein superfamilies
    • Dmitry Suplatov, Yana Sharapova, Elizaveta Geraseva, Vytas Švedas
    • в журнале Nucleic Acids Research, издательство Oxford University Press (United Kingdom) DOI
  • 
    • 2020 easyAmber: A comprehensive toolbox to automate the molecular dynamics simulation of proteins
    • Suplatov Dmitry, Sharapova Yana, Švedas Vytas
    • в журнале Journal of Bioinformatics and Computational Biology, издательство Imperial College Press (United Kingdom), том 18, № 3, с. 2040011 DOI
  • 
    • 2020 vsFilt: A Tool to Improve Virtual Screening by Structural Filtration of Docking Poses
    • Gushchina Irina, Polenova Aleksandra, Suplatov Dmitry, Švedas Vytas, Nilov Dmitry
    • в журнале Journal of Chemical Information and Modeling, издательство American Chemical Society (United States) DOI
  • 
    • 2019 Assessing protein flexibility in computational enzymology: conformational sampling or 3D-motif analysis
    • Sharapova Y., Suplatov D., Timonina D., Schmalhausen E., Fesko K., Muronets V., Voevodin V., Svedas V.
    • в журнале FEBS open bio, издательство John Wiley & Sons Inc. (United States), том 9, № S1, с. 46-46 DOI
  • 
    • 2019 Biochemical and structural insights into PLP fold type IV transaminase from Thermobaculum terrenum
    • Bezsudnova Ekaterina Yu, Boyko Konstantin M., Nikolaeva Alena, Zeifman Yulia S., Rakitina Tatiana V., Suplatov Dmitry A., Popov Vladimir O.
    • в журнале Biochimie, издательство Elsevier BV (Netherlands), том 158, с. 130-138 DOI
  • 
    • 2019 CASBench: A Benchmarking Set of Proteins with Annotated Catalytic and Allosteric Sites in Their Structures
    • Zlobin A., Suplatov D., Kopylov K., Švedas V.
    • в журнале Acta Naturae (англоязычная версия), издательство Park Media Ltd (Moscow, Russia (Federation)), том 11, № 1(40), с. 74-80 DOI
  • • 2019 CASBench: эталонный набор белков с аннотированными каталитическим и аллостерическим сайтами в их структурах
    • Злобин А., Суплатов Д., Копылов К., Швядас В.
    • в журнале Acta Naturae (русскоязычная версия), издательство Парк-медиа (М.), том 11, № 1(40), с. 74-80 DOI
  • 
    • 2019 Human p38α Mitogen-Activated Protein Kinase in the Asp168-Phe169-Gly170-in (DFG-in) state can bind allosteric inhibitor Doramapimod
    • Suplatov D.A., Kopylov K.E., Sharapova Y.A., Švedas V.
    • в журнале Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, издательство Adenine Press (United States), том 37, № 8, с. 2049-2060 DOI
  • 
    • 2019 Open-access Mustguseal platform for bioinformatic analysis in computational enzymology
    • Suplatov D., Sharapova Y., Timonina D., Schmalhausen E., Fesko K., Popova N., Muronets V., Voevodin V., Svedas V.
    • в журнале FEBS open bio, издательство John Wiley & Sons Inc. (United States), том 9, № S1, с. 276-276 DOI
  • • 2019 Yosshi: a web-server for disulfide engineering by bioinformatic analysis of diverse protein families
    • Suplatov D.A., Timonina D.S., Sharapova Y.A., Švedas V.K.
    • в журнале Nucleic Acids Research, издательство Oxford University Press (United Kingdom) DOI
  • • 2019 parMATT: parallel multiple alignment of protein 3D-structures with translations and twists for distributed-memory systems
    • Shegay Maksim V., Suplatov Dmitry A., Popova Nina N., Švedas Vytas K., Voevodin Vladimir V.
    • в журнале Bioinformatics, издательство Oxford University Press (United Kingdom) DOI
  • • 2019 Молекулярная динамика в силовом поле FF14SB в воде TIP4P-Ew, и в силовом поле FF15IPQ в воде SPC/Eb: сравнительный анализ на GPU и CPU
    • Суплатов Д.А., Шарапова Я.А., Попова Н.Н., Копылов К.Е., Воеводин Вл В., Швядас В.К.
    • в журнале Вестник Южно-Уральского государственного университета. Серия "Вычислительная математика и информатика", том 8, № 1, с. 71-88 DOI
  • 
    • 2018 Bioinformatic analysis of the fold type I PLP‐dependent enzymes reveals determinants of reaction specificity in L‐threonine aldolase from Aeromonas jandaei
    • Fesko K., Suplatov D., Švedas V.
    • в журнале FEBS open bio, издательство John Wiley & Sons Inc. (United States), том 8, № 6, с. 1013-1028 DOI
  • 
    • 2018 Mustguseal: a Server for Multiple Structure-Guided Sequence Alignment of Protein Families
    • Suplatov D.A., Kopylov K.E., Popova N.N., Voevodin Vl V., Švedas V.K.
    • в журнале Bioinformatics, издательство Oxford University Press (United Kingdom), том 34, № 9, с. 1583-1585 DOI
  • 
    • 2018 Neuraminidase A from Streptococcus pneumoniae has a modular organization of Catalytic and Lectin Domains separated by a flexible linker
    • Sharapova Yana, Suplatov Dmitry, Švedas Vytas
    • в журнале FEBS Journal, издательство Blackwell Publishing Inc. (United Kingdom), том 285, № 13, с. 2428-2445 DOI
  • 
    • 2018 Simulating the Long-timescale Structural Behavior of Bacterial and Influenza Neuraminidases with Different HPC Resources
    • Sharapova Yana A., Suplatov Dmitry A., Švedas Vytas K.
    • в журнале Supercomputing Frontiers and Innovations, том 5, № 3, с. 30-33 DOI
  • 
    • 2018 The visualCMAT: a web-server to select and interpret correlated mutations/co-evolving residues in protein families
    • Dmitry Suplatov, Yana Sharapova, Daria Timonina, Kirill Kopylov, Vytas Švedas
    • в журнале Journal of Bioinformatics and Computational Biology, издательство Imperial College Press (United Kingdom), том 16, № 2, с. 1840005 DOI
  • • 2017 Гибридные вычислительные кластеры для изучения структуры, функции и регуляции белков
    • Суплатов Д.А., Попова Н.Н., Копылов К.Е., Шегай М.В., Воеводин Вл В., Швядас В.К.
    • в журнале Вестник Южно-Уральского государственного университета. Серия "Вычислительная математика и информатика", том 6, № 4, с. 74-90 DOI
  • 
    • 2016 Experimental and computational studies on the unusual substrate specificity of branched-chain amino acid aminotransferase from Thermoproteus uzoniensis
    • Bezsudnova E.Yu, Stekhanova T.N., Suplatov D.A., Mardanov A.V., Ravin N.V., Popov V.O.
    • в журнале Archives of Biochemistry and Biophysics, издательство Academic Press (United States), том 607, с. 27-36 DOI
  • • 2016 Modulation Of Enzyme Functional Properties
    • Suplatov D.A., Panin N.K., Kopylov K.E., Švedas V.K.
    • в журнале Acta Naturae (русскоязычная версия), издательство Парк-медиа (М.), том 2, с. 222-223
  • 
    • 2016 Parallel Workflow Manager For Non-parallel Bioinformatic Applications To Solve Large-scale Biological Problems On A Supercomputer
    • Suplatov D., Popova N., Zhumatiy S., Voevodin V., Švedas V.
    • в журнале Journal of Bioinformatics and Computational Biology, издательство Imperial College Press (United Kingdom), том 14, № 2, с. 1641008 DOI
  • 
    • 2015 Robust enzyme design: Bioinformatic tools for improved protein stability
    • Suplatov D.A., Voevodin V.V., Švedas V.K.
    • в журнале Biotechnology journal, издательство Wiley - VCH Verlag GmbH & CO. KGaA (Germany), том 10, № 3, с. 344-355 DOI
  • 
    • 2015 Study of Functional and Allosteric Sites in Protein Superfamilies
    • Suplatov D., Švedas V.
    • в журнале Acta Naturae (англоязычная версия), издательство Park Media Ltd (Moscow, Russia (Federation)), том 7, № 4, с. 36-47
  • 
    • 2015 The βD484N mutant of penicillin acylase from Escherichia coli is more resistant to inactivation by substrates and can effectively perform peptide synthesis in aqueous medium
    • Shcherbakova T.A., Panin N.V., Suplatov D.A., Shapovalova I.V., Svedas V.K.
    • в журнале Journal of Molecular Catalysis - B Enzymatic, издательство Elsevier BV (Netherlands), том 112, с. 66-68 DOI
  • • 2015 Изучение функциональных и аллостерических сайтов в суперсемействах белков
    • Суплатов Д.А., Швядас В.К.
    • в журнале Acta Naturae (русскоязычная версия), издательство Парк-медиа (М.), том 7, № 4, с. 39-52 DOI
  • 
    • 2014 Bioinformatic analysis of protein families for identification of variable amino acid residues responsible for functional diversity
    • Suplatov D., Shalaeva D., Kirilin E., Arzhanik V., Švedas V.
    • в журнале Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, издательство Adenine Press (United States), том 32, № 1, с. 75-87 DOI
  • 
    • 2014 Computational Design of a pH Stable Enzyme: Understanding Molecular Mechanism of Penicillin Acylase's Adaptation to Alkaline Conditions
    • Suplatov D., Panin N., Kirilin E., Shcherbakova T., Kudryavtsev P., Švedas V.
    • в журнале PLoS ONE, издательство Public Library of Science (United States), том 9, № 6, с. e100643 DOI
  • 
    • 2014 Probing the Substrate Specificity and Intersubunit Interactions of Brevundimonas Diminuta Glutaryl Acylase with Site-Directed Mutagenesis
    • Eldarov M., Lyashenko A., Sherbakova T., Suplatov D., Kopylov K., Švedas V.
    • в журнале American Journal of Biochemistry and Biotechnology, издательство Science Publications (United States), том 10, № 3, с. 169-179 DOI
  • 
    • 2014 Zebra: a web server for bioinformatic analysis of diverse protein families
    • Suplatov D., Kirilin E., Takhaveev V., Svedas V.
    • в журнале Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, издательство Adenine Press (United States), том 32, № 11, с. 1752-1758 DOI
  • 
    • 2014 pocketZebra: a web-server for automated selection and classification of subfamily-specific binding sites by bioinformatic analysis of diverse protein families
    • Suplatov D., Kirilin E., Arbatsky M., Takhaveev V., Švedas V.
    • в журнале Nucleic Acids Research, издательство Oxford University Press (United Kingdom), том 42, № 1, с. 344-349 DOI
  • 
    • 2013 Bioinformatic analysis and molecular modeling reveal mutation bD484N to stabilize penicillin acylase and improve its catalytic performance in alkaline medium
    • Panin N., Suplatov D., Kirilin E., Shcherbakova T., Kudravtsev P., Švedas V.
    • в журнале FEBS Journal, издательство Blackwell Publishing Inc. (United Kingdom), том 280, № 1, с. 614 DOI
  • 
    • 2013 Bioinformatic analysis of penicillin-binding proteins identified amino acid residues responsible for substrate specificity of D-aminopeptidase from Ochrobactrum anthropi
    • Khaliullin I., Suplatov D., Tokunan K., Himi M., Asano Y., Švedas V.
    • в журнале FEBS Journal, издательство Blackwell Publishing Inc. (United Kingdom), том 280, № 1, с. 592 DOI
  • 
    • 2013 Understanding structure-function relationship in protein families: bioinformatics and molecular modeling provide new concept for enzyme engineering
    • Suplatov D., Švedas V.
    • в журнале FEBS Journal, издательство Blackwell Publishing Inc. (United Kingdom), том 280, № 1, с. 589 DOI
  • 
    • 2012 Bioinformatic analysis of alpha/beta-hydrolase fold enzymes reveals subfamily-specific positions responsible for discrimination of amidase and lipase activities
    • Suplatov D.A., Besenmatter W., Svedas V.K., Svendsen A.
    • в журнале Protein Engineering, Design and Selection, издательство Oxford University Press (United Kingdom), том 25, № 11, с. 689-697 DOI
  • • 2012 Биоинформатический анализ структурных взаимосвязей в удаленных гомологах суперсемейства альфа-бета гидролаз
    • Шаповалова И.В., Панин Н.В., Тахавеев В.А., Мисюра Н.М., Суплатов Д.А.
    • в журнале Современные проблемы науки и образования, издательство Общество с ограниченной ответственностью "Издательский Дом "Академия Естествознания" (Пенза), № 6
  • 
    • 2011 Comparative Bioinformatic Analysis of Active Site Structures in Evolutionarily Remote Homologues of alpha,beta-Hydrolase Superfamily Enzymes
    • Suplatov D.A., Arzhanik V.K., Svedas V.K.
    • в журнале Acta Naturae (англоязычная версия), издательство Park Media Ltd (Moscow, Russia (Federation)), том 3, № 1, с. 93-98
  • 
    • 2011 Сравнительный биоинформатический анализ структур активных центров эволюционно удаленных гомологов суперсемейства ферментов α,β-гидролаз
    • Суплатов Д.А., Аржаник В.К., Швядас В.К.
    • в журнале Acta Naturae (русскоязычная версия), издательство Парк-медиа (М.), том 3, № 1, с. 99-105
  • 
    • 2010 Bioinformatic Analysis, Molecular Modeling of Role of Lys65 Residue in Catalytic Triad of D-aminopeptidase from Ochrobactrum anthropi
    • Khaliullin I.G., Suplatov D.A., Shalaeva D.N., Otsuka M., Asano Y., Svedas V.K.
    • в журнале Acta Naturae (англоязычная версия), издательство Park Media Ltd (Moscow, Russia (Federation)), том 2, № 2, с. 66-71
  • • 2010 Биоинформатический анализ и молекулярное моделирование участия Lys65 в каталитической триаде D-аминопептидазы из Ochrobactrum anthropi
    • Халиуллин И.Г., Суплатов Д.А., Шалаева Д.Н., Оцука М., Асано Я., Швядас В.К.
    • в журнале Acta Naturae (русскоязычная версия), издательство Парк-медиа (М.), том 2, № 2, с. 70-74

• Статьи в сборниках

  • • 2021 Нейросетевой метод сравнительного анализа трехмерных структур белков на основе суперсемейств доменов
    • Мазеев А.В., Попова Н.Н., Суплатов Д.А.
    • в сборнике Суперкомпьютерные дни в России : Труды международной конференции. 27–28 сентября 2021 г., Москва / Под. ред. Вл. В. Воеводина, место издания Москва: МАКС Пресс, с. 124-130
  • • 2021 Применение графических ускорителей для поиска оптимального совмещения пар жестких трехмерных структур методом Кабша
    • Тимохин И.А., Попова Н.Н., Суплатов Д.А.
    • в сборнике Суперкомпьютерные дни в России : Труды международной конференции. 27–28 сентября 2021 г., Москва / Под. ред. Вл. В. Воеводина, место издания Москва: МАКС Пресс, с. 137-143
  • • 2020 Сравнительный анализ 3D-структур белков на GPU: ре-имплементация алгоритма МАТТ на CUDA
    • Тимохин И.А., Суплатов Д.А., Попова Н.Н., Швядас В.К., Воеводин Вл В.
    • в сборнике Суперкомпьютерные дни в России : Труды международной конференции. 21–22 сентября 2020 г., Москва / Под. ред. Вл. В. Воеводина, издательство ООО "МАКС Пресс" (Москва), с. 147-148
  • 
    • 2019 High-Performance Hybrid Computing for Bioinformatic Analysis of Protein Superfamilies
    • Dmitry Suplatov, Yana Sharapova, Maxim Shegay, Nina Popova, Kateryna Fesko, Vladimir Voevodin, Vytas Švedas
    • в сборнике RuSCDays 2019, CCIS 1129, V. Voevodin and S. Sobolev (Eds.), место издания Springer Nature Switzerland AG 2019 Cham, Switzerland, с. 249-264 DOI
  • 
    • 2018 Молекулярная динамика в силовом поле FF14SB в воде TIP4P-Ew, и в силовом поле FF15IPQ в воде SPC/Eb:сравнительный анализ на GPU и CPU
    • Суплатов Д.А., Шарапова Я.А., Попова Н.Н., Копылов К.Е., Воеводин Вл В., Швядас В.К.
    • в сборнике Суперкомпьютерные дни в России: Труды международной конференции (24-25 сентября 2018 г., г. Москва), место издания Издательство МГУ Москва, с. 705-716
  • • 2017 Гибридные вычислительные кластеры для изучения структуры, функции и регуляции белков
    • Суплатов Д.А., Попова Н.Н., Копылов К.Е., Шегай М.В., Воеводин В.В., Швядас В.К.
    • в сборнике Труды международной конференции. СУПЕРКОМПЬЮТЕРНЫЕ ДНИ В РОССИИ. Москва, 25-26 сентября 2017 г, место издания Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова (Издательский Дом (Типография) (Москва), с. 544-556
  • • 2016 Bioinformatic analysis of protein families to select function-related variable positions
    • Suplatov D., Kirilin E., Švedas V.
    • в сборнике Understanding Enzymes: Function, Design, Engineering and Analysis (ed. Allan Svendsen), место издания Pan Stanford Publishing, с. 351-385 DOI
  • • 2016 Использование параллельных вычислений для эффективного построения множественных выравниваний структур белков. Сборник трудов конференции
    • Воеводин Вл В., Шегай М.В., Попова Н.Н., Суплатов Д.А., Швядас В.К.
    • в сборнике Сборник трудов конференции ПАВТ’2016, с. 81-92
  • • 2016 Поиск новых путей регуляции функциональных свойств ферментов с использованием высокопроизводительных вычислений
    • Суплатов Д.А., Воеводин Вл В., Попова Н.Н., Швядас В.К.
    • в сборнике Суперкомпьютерные технологии в науке, образовании и промышленности, серия 7, место издания Издательство Московского университета Москва
  • • 2015 High-performance computing in bioinformatic analysis of protein superfamilies to design enzymes with new properties
    • Suplatov D., Popova N., Kopylov K., Shegai M., Voevodin V., Švedas V.
    • в сборнике Суперкомпьютерные дни в России: Труды международной конференции (28-29 сентября 2015 г., г. Москва), место издания Изд-во МГУ Москва, с. 537-537
  • • 2013 Суперкомпьютерные технологии открывают новые перспективы для биоинформатического анализа больших суперсемейств ферментов и решения ресурсоемких вычислительных задач биокатализа
    • Суплатов Д.А., Воеводин В.В., Швядас В.К.
    • в сборнике Альманах «Суперкомпьютерные технологии в науке, образовании и промышленности" (2013), место издания Издательство МГУ Москва, с. 103-110

• Доклады на конференциях

  • • 2023 АПРОБАЦИЯ БИОИНФОРМАТИЧЕСКОГО ВЕБ-СЕРВЕРА YOSSHI НА ПРИМЕРЕ ПЕНИЦИЛЛИНАЦИЛАЗЫ E.COLI: НЕДОСТАТОЧНОСТЬ ПРОСТОГО КОПИРОВАНИЯ ПРИРОДНЫХ S-S МОСТИКОВ (Стендовый)
    • Авторы: Панина А.М., Панин Н.В., Суплатов Д.А., Швядас В.К.
    • 13-я Международная научная конференция «Биокатализ. Фундаментальные исследования и применения (БИОКАТАЛИЗ-2023)», Суздаль, 25-29 июня 2023 г., Суздаль, Россия, 25-29 июня 2023
  • • 2022 Дизайн селективных ингибиторов ферментов на основе биоинформатического анализа суперсемейств и компьютерного моделирования (Устный)
    • Авторы: Швядас В.К., Суплатов Д.А., Нилов Д.К., Кирилин Е.М.
    • 5-я Российская конференция МедХим-Россия 2021, Волгоград, Россия, 16-19 мая 2022
  • • 2022 Использование графических ускорителей в задачах анализа пространственных структур белков (Устный)
    • Авторы: Попова Н.Н., Суплатов Д.А., Тимохин И.А.
    • Ломоносовские чтения - 2022, Секция вычислительная математика и кибернетика, 14-22 апреля 2022, Москва, МГУ имени М.В.Ломоносова, факультет ВМК, Россия, 14-22 апреля 2022
  • • 2022 Применение методов машинного обучения для сравнительного анализа трехмерных структур белков с использованием суперсемейств доменов (Устный)
    • Авторы: Попова Н.Н., Суплатов Д.А., Мазеев А.В.
    • Ломоносовские чтения - 2022, Секция вычислительная математика и кибернетика, 14-22 апреля 2022, Москва, МГУ имени М.В.Ломоносова, факультет ВМК, Россия, 14-22 апреля 2022
  • • 2021 Нейросетевой метод сравнительного анализа трехмерных структур белков на основе суперсемейств доменов (Устный)
    • Авторы: Мазеев А.В., Попова Н.Н., Суплатов Д.А.
    • Суперкомпьютерные дни в России 2021, Москва, Россия, 27-28 сентября 2021
  • • 2021 vsFilt: a new tool for structural filtration and virtual screening (Стендовый)
    • Авторы: Nilov D.K., Gushchina I.V., Suplatov D.A., Švedas V.K.
    • Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB), Москва, Россия, 30 июля - 2 августа 2021, Skolkovo Insitute of Science and Technology, Moscow, Россия, 30 июля - 2 августа 2021
  • • 2021 Доменный подход к обучению нейросетей для сравнительного анализа 3D структур белков (Устный)
    • Авторы: Попова Нина Николаевна, Мазеев А.В., Суплатов Д.А.
    • Ломоносовские чтения 2021. Секция вычислительная математика и кибернетика, 20-29 апреля 2021, Москва, Россия, 20-29 апреля 2021
  • • 2021 vsFilt – новый инструмент структурной фильтрации для виртуального скрининга (Устный)
    • Авторы: Нилов Д.К., Смолкина Э.В., Гущина И.В., Суплатов Д.А., Швядас В.К.
    • XXVII Симпозиум "Биоинформатика и компьютерное конструирование лекарств", Онлайн на базе платформы zoom, Россия, 5-8 апреля 2021
  • • 2020 Bioinformatic analysis of PARP family: can we design selective inhibitors of distinct PARP proteins? (Стендовый)
    • Авторы: Nilov D., Manasaryan G., Suplatov D., Švedas V.
    • The PARP Family and ADP-ribosylation, New York, США, 9-11 декабря 2020
  • • 2020 Многоуровневое суперкомпьютерное моделирование белков для решения задач биотехнологии и drug discovery (Пленарный)
    • Автор: Суплатов Д.А.
    • Международная Суперкомпьютерная Академия, Москва, МГУ, Россия, 19-26 сентября 2020
  • • 2020 Easyamber: a step away from inefficient “static” approaches towards a deeper understanding of protein dynamics (Стендовый)
    • Авторы: Suplatov D., Sharapova Ya, Svedas V.
    • BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”, Новосибирск, РФ, Россия, 6-10 июля 2020
  • • 2020 Mustguseal: versatile bioinformatic platformfor knowledge-based protein design and modulation (Устный)
    • Авторы: Suplatov D., Sharapova Ya, Svedas V.
    • BGRS/SB-2020: 12th International Multiconference “Bioinformatics of Genome Regulation and Structure/Systems Biology”, Новосибирск, РФ, Россия, 6-10 июля 2020
  • • 2020 Разработка методов дизайна селективных ингибиторов ферментов на основе биоинформатического анализа суперсемейств и молекулярного моделирования (Устный)
    • Авторы: Швядас В.К., Суплатов Д.А., Нилов Д.К., Балдин С.М., Гущина И.В., Щербакова Т.А., Шмальгаузен Е.В.
    • XXVI Симпозиум «Биоинформатика и компьютерное конструирование лекарств» в рамках XXVII Российского Национального Конгресса «Человек и Лекарство», Научно-исследовательский институт биомедицинской химии имени В.Н. Ореховича, Россия, 6-25 апреля 2020
  • • 2019 High-Performance Hybrid Computing for Bioinformatic Analysis of Protein Superfamilies (Устный)
    • Авторы: Dmitry Suplatov, Yana Sharapova, Maxim Shegay, Nina Popova, Kateryna Fesko, Vladimir Voevodin, Vytas Švedas
    • Russian Supercomputing Days, Москва, Россия, 23-24 сентября 2019
  • • 2019 Поиск нового центра связывания артокарпина в структуре NanA из Streptococcus pneumoniae с учетом конформационной пластичности белка. (Стендовый)
    • Авторы: Шарапова Я.А., Суплатов Д.А., Швядас В.К.
    • Суперкомпьютерные дни в России 2019, Москва, Россия, 23-24 сентября 2019
  • • 2019 Neuraminidase A from Streptococcus pneumoniae: Three Different Ways to Modulate Enzyme Activity (Стендовый)
    • Авторы: Sharapova Yana, Švedas Vytas, Suplatov Dmitry
    • Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB), Москва, Россия, 27-30 июля 2019
  • • 2019 Open-access Mustguseal platform to explore protein superfamilies (Стендовый)
    • Авторы: Dmitry Suplatov, Yana Sharapova, Daria Timonina, Elena Schmalhausen, Vytas Švedas, Nina Popova, Vladimir Muronets, Vladimir Voevodin, Kateryna Fesko
    • Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB), Москва, Россия, 27-30 июля 2019
  • • 2019 Parallel computing in structural bioinformatics: efficient 3D-alignment of protein superfamilies on a supercomputer (Устный)
    • Авторы: Shegay Maksim V., Švedas Vytas K., Popova Nina N., Suplatov Dmitry A., Voevodin Vladimir V.
    • Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB), Москва, Россия, 27-30 июля 2019
  • • 2019 Yosshi: the bioinformatic approach to protein disulfide engineering (Стендовый)
    • Авторы: Dmitry Suplatov, Vytas Švedas, Yana Sharapova, Daria Timonina
    • Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB), Москва, Россия, 27-30 июля 2019
  • • 2019 Assessing protein flexibility in computational enzymology: conformational sampling or 3D-motif analysis? (Устный)
    • Авторы: Sharapova Y., Suplatov D., Timonina D., Schmalhausen E., Fesko K., Muronets V., Voevodin V., Svedas V.
    • The 44th FEBS Congress, Krakow, Poland, July 6-11., Краков, Польша, 6-11 июля 2019
  • • 2019 Open-access Mustguseal platform for bioinformatic analysis in computational enzymology (Стендовый)
    • Авторы: Suplatov D., Sharapova Y., Timonina D., Schmalhausen E., Fesko K., Popova N., Muronets V., Voevodin V., Svedas V.
    • The 44th FEBS Congress, Krakow, Poland, July 6-11., Краков, Польша, 6-11 июля 2019
  • • 2019 Knowledge-based modulation of enzyme functional properties (Пленарный)
    • Авторы: Suplatov D.A., Sharapova Y.A., Drobot V.V., Kirilin E.M., Švedas V.K.
    • 12th International Conference “Biocatalysis: Fundamentals and Applications”, Санкт Петербург, Россия, 24-28 июня 2019
  • • 2018 Инженерная энзимология: новые возможности использования ферментов при модуляции их функциональных свойств (Пленарный)
    • Авторы: Швядас В.К., Суплатов Д.А., Панин Н.В., Гуранда Д.Ф.
    • Международный Форум "Биотехнология: состояние и перспективы развития. Науки о жизни" (BIOTECH WORLD 2018), Москва, Гостиный двор, Ильинка, 4, Россия, 23-25 мая 2018
  • • 2018 ПОИСК СЕЛЕКТИВНЫХ ИНГИБИТОРОВ ФЕРМЕНТОВ ПАТОГЕНОВ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ МЕТОДОВ БИОИНФОРМАТИКИ И МОЛЕКУЛЯРНОГО МОДЕЛИРОВАНИЯ (Устный)
    • Авторы: Швядас В.К., Суплатов Д.А., Нилов Д.К., Шмальгаузен Е.В., Гущина И.В., Щербакова Т.А., Балдин С.М.
    • Международный Форум "Биотехнология: состояние и перспективы развития. Науки о жизни" (BIOTECH WORLD 2018), Москва, Гостиный двор, Ильинка, 4, Россия, 23-25 мая 2018
  • • 2018 Анализ структурных детерминант подсемейств растворимых неорганических пирофосфатаз семейства I (Устный)
    • Авторы: Суплатов Д.А., Родина Е.В., Байков А.А., Романов Р.С.
    • Вторая школа молодых ученых "Компьютерное моделирование структуры и динамики биомолекул", Новосибирский Государственный Университет, Россия, 28-30 апреля 2018
  • • 2017 Гибридные вычислительные кластеры для изучения структуры, функции и регуляции белков (Устный)
    • Авторы: Шегай М.В., Воеводин Вл В., Копылов К.Е., Суплатов Д.А., Попова Н.Н., Швядас В.К.
    • Суперкомпьютерные дни в России 2017, Москва, Россия, 25-26 сентября 2017
  • • 2017 Allosteric inhibitor Doramapimod can bind to human p38α MAP Kinase even when the activation loop is in the DFG-in state (Стендовый)
    • Авторы: Dmitry Suplatov, Vytas Švedas, Yana Sharapova, Kirill Kopylov
    • Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'17), Москва, Россия, 27-30 июля 2017
  • • 2017 Bioinformatic analysis of subfamily-specific positions reveals a previously unknown regulatory site in Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase family of proteins (Устный)
    • Авторы: Dmitry Suplatov, Vytas Švedas, Vladimir Muronets, Elena Schmalhausen
    • Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'17), Москва, Россия, 27-30 июля 2017
  • • 2017 Molecular Modeling of Catalytic and Lectin Domains in Neuraminidase A from Streptococcus pneumoniae (Стендовый)
    • Авторы: Yana Sharapova, Vytas Švedas, Dmitry Suplatov
    • Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'17), Москва, Россия, 27-30 июля 2017
  • • 2017 How we do modulate functional properties of enzymes (Устный)
    • Авторы: Švedas V., Gushchina I., Meshalkina L., Nilov D., Shmalhauzen E., Suplatov D.
    • Biocatalysis-2017: Fundamentals & applications. June 25-30, 2017, Moscow Region, Russian Federation., Истра, Россия, 25-30 июля 2017
  • • 2016 Design of stabilized penicillin acylase variants and their applications for synthesis (Устный)
    • Авторы: Panin N., Švedas V., Suplatov D., Shcherbakova T.
    • 22nd International Conference "INPEC-2016" (International Network of Protein Engineering Centers). Daejeon, Republic of Korea, 2016, November 6-10, Daejeon, Корея, Республика, 6-10 ноября 2016
  • • 2016 Modulation Of Enzyme Functional Properties (Устный)
    • Авторы: Suplatov D.A., Švedas V.K., Kopylov K.E., Panin N.K.
    • V Съезд физиологов СНГ, V Съезд Биохимиков России, Сочи, Россия, 4-8 октября 2016
  • • 2016 GPU-accelerated analysis of linear trends in a protein motion (Стендовый)
    • Авторы: Suplatov D., Švedas V., Kopylov K.
    • Международная конференция "Суперкомпьютерные дни в России 2016", Москва, Россия, 26-27 сентября 2016
  • • 2016 Изучение механизма распознавания субстратов с участием подвижных элементов структуры активных центров ферментов 3-гидроксибензоатгидроксилазы и 2-гидроксибифенил-3-монооксигеназы с использованием суперкомпьютера (Стендовый)
    • Авторы: Копылов К.Е., Швядас В.К., Суплатов Д.А.
    • Международная конференция "Суперкомпьютерные дни в России 2016", Москва, Россия, 26-27 сентября 2016
  • • 2016 Identification of hotspots responsible for the reaction specificity in aspartate aminotransferase family of PLP-dependent enzymes (Стендовый)
    • Авторы: Dmitry Suplatov, Kateryna Lypetska
    • Gordon Research Conference on Biocatalysis (2016), Biddeford, США, 10-15 июля 2016
  • • 2016 Statistical Analysis Of Linear Trends In Protein Motion To Study Induced Conformational Changes In Protein Structures (Устный)
    • Авторы: Suplatov D., Kopylov K., Mironov A.А., Švedas V.
    • International Symposium «Systems Biology and Bioinformatics», г. Санкт-Петербург, Россия, 30 июня - 2 июля 2016
  • • 2016 Использование параллельных вычислений для эффективного построения множественных выравниваний структур белков (Устный)
    • Авторы: Воеводин Вл В., Шегай М.В., Швядас В.К., Суплатов Д.А., Попова Н.Н.
    • Параллельные вычислительные технологии (ПаВТ) 2016, Архангельск, Россия, 28 марта - 1 апреля 2016
  • • 2015 High-performance computing in bioinformatic analysis of protein superfamilies to design enzymes with new properties (Стендовый)
    • Авторы: Suplatov D., Popova N., Kopylov K., Shegai M., Voevodin V., Švedas V.
    • Международная конференция "Суперкомпьютерные дни в России 2015", Москва, Россия, 28-29 сентября 2015
  • • 2015 Characterization of functionally important binding sites of enzymes by bioinformatic analysis of diverse protein families (Стендовый)
    • Авторы: Kirillin E., Švedas V., Suplatov D.
    • Enzyme Engineering XXIII, St. Petersburg, Florida, США, 6-11 сентября 2015
  • • 2015 Bioinformatic analysis of diverse protein superfamilies to design improved enzymes (Устный)
    • Авторы: Suplatov D., Panin N., Švedas V., Khaliullin I., Shcherbakova T.
    • Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'15), Москва, МГУ им. М.В. Ломоносова, Россия, 16-19 июля 2015
  • • 2015 Bioinformatic analysis of binding sites in protein superfamilies for design of selective inhibitors of enzymes from pathogens (Пленарный)
    • Авторы: Suplatov D., Švedas V., Zlobin A.
    • Biocatalysis 2015, Истра, Россия, 21-26 июня 2015
  • • 2015 Рациональный дизайн ферментов с использованием методов биоинформатики и молекулярного моделирования (Устный)
    • Авторы: Швядас В.К., Халиуллин И.Г., Панин Н.В., Суплатов Д.А.
    • VIII Московский международный конгресс «Биотехнология: Состояние и перспективы развития», Москва, Россия, 17-20 марта 2015
  • • 2014 Bioinformatic analysis of D-aminopeptidase from Ochrobactrum anthropi for rational design of extended substrate specificity (Стендовый)
    • Авторы: Khaliullin I., Suplatov D., Švedas V., Komeda H., Asano Y., Watanabe S.
    • INPEC-2014, Russia (Sankt-Petersburg), Россия, 2014
  • • 2014 Bioinformatic analysis of diverse protein families: publicly available tools to study functional and regulatory sites in protein structures and design novel enzymes (Устный)
    • Авторы: Švedas V., Suplatov D.
    • INPEC-2014, Russia (Sankt-Petersburg), Россия, 2014
  • • 2014 Computational design of stabilized penicillin acylase to improve its catalytic performance (Устный)
    • Авторы: Švedas V., Suplatov D., Shcherbakova T., Panin N.
    • ProtStab 2014 - 10th International Conference on Protein Stabilisation, Stresa, Lake Maggiore, Italy, Италия, 2014
  • • 2014 Computationally designed βD484 variant of penicillin acylase from Escherichia coli is stabilized in alkaline medium and resistant to inactivation by substrates in highly concentrated reaction mixtures
    • Авторы: Panin N., Švedas V., Suplatov D., Shcherbakova T.
    • INPEC-2014, Russia (Sankt-Petersburg), Россия, 2014
  • • 2014 Design of novel biocatalysts with improved functional properties based on bioinformatic analysis of diverse enzyme families and molecular modeling (Устный)
    • Авторы: Švedas V., Suplatov D., Panin N., Khaliullin I.
    • INPEC-2014, Russia (Sankt-Petersburg), Россия, 2014
  • • 2014 Knowledge-based design of enzyme functional properties (Устный)
    • Авторы: Suplatov D., Švedas V., Khaliullin I., Panin N.
    • XIII International Conference of Lithuanian Biochemical Society dedicated to the 50th anniversary of FEBS, Birstonas, Lithuania, Литва, 2014
  • • 2013 Bioinformatic analysis of bacterial DNA-dependent RNA polymerase identifies new targets for selective inhibition
    • Авторы: Klimchuk O., Švedas V., Suplatov D.
    • International Conference Lomonosov-2013, Russia, Moscow, Россия, 2013
  • • 2013 Bioinformatic analysis of glutaryl acylases reveals key residues responsible for substrate discrimination
    • Авторы: Suplatov D., Takhaveev V.
    • International Conference Lomonosov-2013, Russia, Moscow, Россия, 2013
  • • 2013 Rational design of penicillin acylase based on bioinformatic analysis and molecular modeling to improve enzyme catalytic performance in alkaline medium
    • Авторы: Suplatov D., Panin N., Švedas V., Shcherbakova T., Kudravtsev P., Kirilin E.
    • Enzyme Engineering XXII, 2013, September 22-26, Japan (Toyama), Japan (Toyama), Япония, 2013
  • • 2013 Zebra: web-server for bioinformatic analysis of large protein superfamilies to identify variable amino acid residues responsible for functional diversity
    • Авторы: Suplatov D., Švedas V.K., Takhaveev V., Kirilin E.
    • Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'13), Москва, МГУ, биологический факультет, Россия, 25-28 июля 2013
  • • 2013 Bioinformatic analysis of penicillin-binding proteins identified amino acid residues responsible for substrate specificity of D-aminopeptidase from Ochrobactrum anthropi
    • Авторы: Khaliullin I., Suplatov D., Švedas V., Himi M., Asano Y., Tokunan K.
    • 38th Congress of the Federation of European Biochemical Societies (FEBS), Saint Petersburg, Россия, 6-11 июля 2013
  • • 2013 Bioinformatic analysis and molecular modeling reveal mutation bD484N to stabilize penicillin acylase and improve its catalytic performance in alkaline medium (Стендовый)
    • Авторы: Panin N., Suplatov D., Švedas V., Shcherbakova T., Kudravtsev P., Kirilin E.
    • International Conference BIOCATALYSIS-2013: Fundamentals & Applications, July 2-5, Moscow , Москва, Россия, 2-5 июля 2013
  • • 2014 Bioinformatic analysis of glutaryl acylases to study molecular mechanisms of substrate recognition (Стендовый)
    • Авторы: Suplatov D., Kirilin E., Švedas V., Eldarov M., Takhaveev V.
    • 9th International Conference "Biocatalysis -2013: Fundamentals & Applications", July 2-5, 2013, Moscow, Россия, 2-5 июля 2013
  • • 2013 Bioinformatic analysis of penicillin-binding proteins identified amino acid residues responsible for substrate specificity of D-aminopeptidase from Ochrobactrum anthropi
    • Авторы: Khaliullin I., Suplatov D., Švedas V., Himi M., Asano Y., Tokunan K.
    • International Conference BIOCATALYSIS-2013: Fundamentals & Applications, July 2-5, Moscow , Москва, Россия, 2-5 июля 2013
  • • 2014 Bioinformatic analysis of sequence and structural data to study structure-function relationship in diverse protein superfamilies and develop novel enzyme engineering strategies (Устный)
    • Авторы: Khaliullin I., Suplatov D., Švedas V., Panin N.
    • 9th International Conference "Biocatalysis -2013: Fundamentals & Applications", July 2-5, 2013, Moscow, Россия, 2-5 июля 2013
  • • 2012 Bioinformatic selection of subfamily-specific positions as hotspots for rational enzyme engineering
    • Авторы: Швядас В.К., Суплатов Д.А.
    • In silico rational design and screening, 2012
  • • 2012 Bioinformatic analysis of subfamily-specific positions to study structure-function relationship in diverse enzyme families
    • Авторы: Швядас В.К., Суплатов Д.А.
    • Catalytic Mechanisms by Biological Systems, Italy, Италия, 2012
  • • 2011 Bioinformatic Analysis of Structural Factors of Selective Inhibition in Human Protein Kinase C Family
    • Авторы: Шалаева Д.Н., Швядас В.К., Суплатов Д.А., TAKHAVEYEV V.
    • International Moscow Conference on Computational Molecular Biology MCCMB-2011, Russia, Moscow, Россия, 2011
  • • 2011 Bioinformatic analysis of function-related variable amino acid residues responsible for functional divergence of enzyme families
    • Авторы: Суплатов Д.А., Шалаева Д.Н., Кирилин Е.М., Швядас В.К., Аржаник В.К.
    • Biotrans-2011, Italy, Италия, 2011
  • • 2011 Multiple structural alignment of α/β hydrolase-fold enzymes and bioinformatic analysis of catalytically important residues (Стендовый)
    • Авторы: Аржаник В.К., Швядас В.К., Суплатов Д.А., Кирилин Е.М.
    • International Moscow Conference on Computational Molecular Biology MCCMB-2011, Russia, Moscow, Россия, 2011

• Тезисы докладов

  • • 2022 Использование графических ускорителей в задачах анализа пространственных структур белков
    • Попова Н.Н., Суплатов Д.А., Тимохин И.А.
    • в сборнике Ломоносовские чтения-2022: научная конференция, факультет ВМК МГУ имени М.В.Ломоносова. Тезисы докладов, серия СЕКЦИЯ ВЫЧИСЛИТЕЛЬНОЙ МАТЕМАТИКИ И КИБЕРНЕТИКИ, издательство ООО "МАКС Пресс" (Москва), том 2022, тезисы, с. 120-121
  • • 2022 Применение методов машинного обучения для сравнительного анализа трехмерных структур белков с использованием суперсемейств доменов
    • Попова Н.Н., Суплатов Д.А., Мазеев А.В.
    • в сборнике Ломоносовские чтения-2022: научная конференция, факультет ВМК МГУ имени М.В.Ломоносова. Тезисы докладов, серия СЕКЦИЯ ВЫЧИСЛИТЕЛЬНОЙ МАТЕМАТИКИ И КИБЕРНЕТИКИ, издательство ООО "МАКС Пресс" (Москва), том 2022, тезисы, с. 111-112
  • • 2021 Доменный подход к обучению нейросетей для сравнительного анализа 3D структур белков
    • Попова Нина Николаевна, Мазеев А.В., Суплатов Д.А.
    • в сборнике Ломоносовские чтения-2021: научная конференция, факультет ВМК МГУ имени М.В.Ломоносова. Тезисы докладов, серия Секция Вычислительной математики и кибернетики, издательство Изд-во Моск. ун-та (М.), том 2021, тезисы, с. 106-107
  • • 2019 Knowledge-based modulation of enzyme functional properties
    • Suplatov D.A., Sharapova Y.A., Drobot V.V., Kirilin E.M., Švedas V.K.
    • в сборнике Abstracts of 12th International conference BIOCATALYSIS-2019: Fundamentals and Applications / Editor V. Tishkov - Moscow, место издания Innovations and High Technologies MSU Ltd, 2019 Moscow, тезисы, с. 25
  • • 2017 Использование методов биоинформатики и молекулярного моделирования для поиска путей модуляции функциональных свойств ферментов
    • Суплатов Д.А., Балдин С.М., Панин Н.К., Швядас В.К.
    • в сборнике Acta Naturae. СПЕЦВЫПУСК. Международная научная конференция по биоорганической химии "XII чтения памяти академика Юрия Анатольевича Овчинникова" и VIII Российский симпозиум "Белки и пептиды", место издания Перо Москва, ИБХ РАН, 18-22 сентября 2017, тезисы, с. 121-121
  • • 2016 Modulation of enzyme functional properties
    • Suplatov D.A., Panin N.K., Kopylov K.E., Švedas V.K.
    • в сборнике ACTA NATURAE, серия СПЕЦВЫПУСК, том 2, тезисы, с. 222-223

• НИРы

  • • 13 ноября 2020 - 31 января 2021 Синтез субстрата омега-амидазы α-кето-глутарамата и кето-аналога селенометионина α-кето-метил-селено-бутирата
    • Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского
    • Руководитель: Швядас В.К. Ответственный исполнитель: Никулин М.В. Участники НИР: Балдин С.М., Гуранда Д.Ф., Дробот В.В., Панин Н.В., Суплатов Д.А., Успенская Т.В., Щербакова Т.А.
  • • 31 января 2020 - 31 декабря 2022 Комплексный подход к разработке и оптимизации ресурсоемких приложений сравнительного анализа белков для высокопроизводительных вычислительных систем
    • Кафедра суперкомпьютеров и квантовой информатики
    • Руководитель: Воеводин В.В. Участники НИР: Суплатов Д.А., Тарумова Н.Т., Тимонина Д.С., Тимохин И.А., Шегай М.В.
  • • 8 января 2019 - 31 декабря 2021 Влияние конформационной пластичности участков связывания в ферментах на их функциональные свойства и способность взаимодействовать с субстратами и лигандами
    • Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского
    • Руководитель: Суплатов Д.А. Участники НИР: Гуранда Д.Ф., Шаповалова И.В., Шарапова Я.А., Щербакова Т.А.
  • • 1 января 2019 - 31 декабря 2025 Поиск регуляторов биологических процессов, воздействующих на белки, ферменты, полиферментные комплексы и рецепторные системы
    • Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского
    • Руководитель: Швядас В.К. Ответственный исполнитель: Муронец В.И. Участники НИР: Алешин В.А., Артюхов А.В., Астахова А.А., Балдин С.М., Баринова К.В., Безуглов В.С., Буник-Фаренвальд В.И., Вирясов М.Б., Вирясова Г.М., Голенкина Е.А., Гуранда Д.Ф., Дарбинян Т.Г., Дробот В.В., Калмыков П.В., Кирилин Е.М., Кочетов Г.А., Кудрявцева С.С., Кузнеченкова Е.Ю., Курочкина Л.П., Магретова Н.Н., Мельникова А.К., Мичурина В.Н., Никулин М.В., Нилов Д.К., Орлов В.Н., Панин Н.В., Панина (Вавилова) А.М., Пирожкова Е.Б., Позднякова Н.В., Поздышев Д.В., Романов А.В., Севостьянова И.А., Семенюк П.И., Сергеева М.Г., Соловьев В.В., Соловьева О.Н., Стройлова Ю.Ю., Судьина Г.Ф., Суплатов Д.А., Тимонина Д.С., Успенская Т.В., Чистяков Д.В., Шарапова Я.А., Шмальгаузен Е.В., Щербакова Т.А.
  • • 15 августа 2018 - 31 декабря 2021 Установление взаимосвязи между структурой и функциональными свойствами белков/ферментов на основе интеллектуального анализа информационных ресурсов и разработка предсказательных алгоритмов
    • Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского
    • Руководитель: Суплатов Д.А. Ответственные исполнители: Воеводин В.В., Герасева Е.П., Дробот В.В., Лукашевич Н.В., Никулин М.В., Панин Н.В., Попова Н.Н., Тимонина Д.С., Шарапова Я.А., Швядас В.К. Участники НИР: Воеводин В.В., Дробот В.В., Лукашевич Н.В., Никулин М.В., Панин Н.В., Попова Н.Н., Тимонина Д.С., Шарапова Я.А., Швядас В.К.
  • • 12 апреля 2018 - 31 декабря 2019 Изучение особенностей структурной организации центров связывания в ферментах патогенов и разработка новых антибиотиков для лечения заболеваний нижних дыхательных путей с использованием системных подходов биоинформатики и молекулярного моделирования
    • Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского
    • Руководитель: Швядас В.К. Ответственные исполнители: Нилов Д.К., Суплатов Д.А., Щербакова Т.А. Участники НИР: Балдин С.М., Гущина И.В., Дробот В.В., Кирилин Е.М., Шарапова Я.А., Шмальгаузен Е.В.
  • • 1 марта 2017 - 31 декабря 2019 Поиск новых решений ресурсоемких задач биоинформатики и молекулярного моделирования с использованием GPU-ускорителей
    • Кафедра суперкомпьютеров и квантовой информатики
    • Руководитель: Воеводин В.В. Ответственный исполнитель: Попова Н.Н. Участники НИР: АНТОНОВ А.А., Копылов К.Е., Суплатов Д.А., Теплов А.М., Швядас В.К.
  • • 1 января 2017 - 31 декабря 2017 Биоинформатический анализ суперсемейств белков для поиска и характеристики функциональных и регуляторных центров связывания лигандов
    • Факультет биоинженерии и биоинформатики
    • Руководитель: Суплатов Д.А. Ответственные исполнители: Злобин А.С., Копылов К.Е., Николаева Д.Д., Шарапова Я.А.
  • • 1 января 2016 - 31 декабря 2017 Биоинформатический анализ суперсемейств белков для поиска и характеристики функциональных и регуляторных центров связывания лигандов
    • Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского
    • Руководитель: Суплатов Д.А. Участники НИР: Злобин А.С., Копылов К.Е., Медведев Д.О., Николаева Д.Д., Шарапова Я.А.
  • • 26 мая 2015 - 15 декабря 2017 Изучение особенностей структурной организации центров связывания в ферментах патогенов и разработка новых антибиотиков для лечения заболеваний нижних дыхательных путей с использованием системных подходов биоинформатики и молекулярного моделирования
    • Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского
    • Руководитель: Швядас В.К. Участники НИР: Балдин С.М., Кирилин Е.М., Мешалкина Л.Е., Нилов Д.К., Семенюк П.И., Суплатов Д.А., Шарапова Я.А., Шмальгаузен Е.В., Щербакова Т.А.
  • • 12 ноября 2014 - 1 июля 2015 Разработка комплекса образовательных модулей для подготовки исследователей в области создания инновационных лекарственных препаратов
    • Факультет биоинженерии и биоинформатики
    • Руководитель: Фенюк Б.А. Участники НИР: Богатырева М.Х., Головин А.В., Зиновкина Л.А., Каленикова Е.И., Калинина Н.И., Миронов А.А., Нилов Д.К., Северин Ф.Ф., Скулачев В.П., Ставровская Е.Д., Суплатов Д.А., Швядас В.К.
  • • 1 января 2014 - 31 декабря 2018 Центр биомедицинских исследований, Компонент по инфекционным заболеваниям
    • Отдел биокинетики
    • Руководитель: Швядас В.К. Участники НИР: Балдин С.М., Кирилин Е.М., Мисюра Н.М., Муронец В.И., Никулин М.В., Нилов Д.К., Панин Н.В., Суплатов Д.А., Успенская Т.В., Халиуллин И.Г., Шаповалова И.В., Щербакова Т.А.
  • • 1 января 2014 - 31 декабря 2016 Технологии суперкомпьютерного кодизайна для решения ресурсоемких вычислительных задач биокатализа
    • Кафедра суперкомпьютеров и квантовой информатики
    • Руководитель: Воеводин В.В. Участники НИР: Антонов А.С., Воеводин В.В., Копылов К.Е., Ожигов Ю.И., Попова Н.Н., Суплатов Д.А., Чернявский А.Ю., Швец П.А., Швядас В.К.
  • • 1 января 2014 - 23 декабря 2016 Получение мутантных форм пенициллинацилазы и Д-аминопептидазы с улучшенными каталитическими свойствами при помощи методов компьютерного дизайна и генетической инженерии
    • Факультет биоинженерии и биоинформатики
    • Руководитель: Швядас В.К. Участники НИР: Балдин С.М., Белый Т.С., Мисюра Н.М., Морозова И.А., Никулин М.В., Панин Н.В., Суплатов Д.А., Тажигулов Р.Н., Шаповалова И.В., Щербакова Т.А.
  • • 1 января 2013 - 31 декабря 2018 Управление биологическими процессами путем воздействия низкомолекулярными регуляторами на ферменты, полиферментные комплексы, рецепторные системы и другие супрамолекулярные структуры
    • Научно-исследовательский институт физико-химической биологии имени А.Н.Белозерского
    • Руководитель: Швядас В.К. Участники НИР: Астахова А.А., Балдин С.М., Буник-Фаренвальд В.И., Вирясова Г.М., Голенкина Е.А., Гуранда Д.Ф., Дарбинян Т.Г., Дробот В.В., Загряжская А.Н., Кирилин Е.М., Ливенский А.Д., Никулин М.В., Нилов Д.К., Панин Н.В., Пирожкова Е.Б., Сергеева М.Г., Судьина Г.Ф., Суплатов Д.А., Успенская Т.В., Чистяков Д.В., Щербакова Т.А.

• Патенты

  • • 2018 СЕЛЕКТИВНЫЕ ИНГИБИТОРЫ ГЛИЦЕРАЛЬДЕГИД-3-ФОСФАТДЕГИДРОГЕНАЗЫ МИКОБАКТЕРИЙ
    • Авторы: Суплатов Д.А., Шмальгаузен Е.В., Муронец В.И., Швядас В.К.
    • #2 661 151, 12 июля
  • • 2015 Мутант пенициллинацилазы из E.coli с улучшенными свойствами
    • Авторы: Суплатов Д., Кудрявцев П., Панин Н., Щербакова Т., Швядас В.
    • #RU 2564578 С2, 10 октября

• Диссертация

  • • 2011 Выявление аминокислотных остатков, определяющих специфичность ферментов семейств альфа-бета гидролаз и пенициллин-связывающих белков, методами биоинформатического анализа
    • Кандидатская диссертация по специальности 03.01.04 - Биохимия (хим. науки)
    • Автор: Суплатов Дмитрий Андреевич, к.х.н.
    • Научный руководитель: Швядас В.К., д.х.н., проф., МГУ имени М.В. Ломоносова
    • Защищена в совете Д 501.001.59 (совет Д 053.05.76 до 1999 г.) при МГУ имени М.В. Ломоносова, Химический факультет

• Руководство дипломными работами

  • • 2021 Аннотация и классификация участков связывания лигандов в структурах белков с использованием 3D-мотивов
    • Научный руководитель: Суплатов Д.А.
    • Автор: Герасева Елизавета Павловна (Специалист)
  • • 2017 Молекулярное моделирование активного центра 2-гидроксибифенил-3-монооксигеназы из Pseudomonas azelaica
    • Научные руководители: Суплатов Д.А., Швядас В.К.
    • Автор: Копылов Кирилл Евгеньевич (Специалист)
  • • 2012 Изучение региоспецифичности трансгликозилирования ферментами семейства альфа-галактозидаз методами биоинформатики и молекулярного моделирования
    • Научные руководители: Суплатов Д.А., Швядас В.К.
    • Автор: Кирилин Е.М. (Специалист)
  • • 2012 Биоинформатический анализ субстратной специфичности ферментов семейства пенициллинацилаз
    • Научные руководители: Суплатов Д.А., Швядас В.К.
    • Автор: Шалаева Д.Н. (Специалист)

• Руководство курсовыми работами

  • • 2021 Представление 3D-структур белков в формате графовых сетей
    • Научный руководитель: Суплатов Д.А.
    • Автор: Жукова Надежда Павловна (Специалист)
  • • 2021 Перепрофилирование лекарств in-silico: исследование взаимодействия Ремдесивира и RdRp SARS-CoV-2
    • Научный руководитель: Суплатов Д.А.
    • Автор: Заббарова Вероника Руслановна (Специалист)
  • • 2021 Молекулярное моделирование распознавания полиэтилентерефталата в активном центре бактериальной кутиназы
    • Научные руководители: Шарапова Я.А., Суплатов Д.А.
    • Автор: Чупин Глеб Александрович (Специалист)
  • • 2021 Анализ использования ко-эволюционирующих позиций как инструмента для выбора компенсаторных замен в рациональном дизайне свойств белков
    • Научный руководитель: Суплатов Д.А.
    • Автор: Власов Антон Викторович (Специалист)
  • • 2020 Аннотация сайтов связывания кофактора НАД/НАДН с использованием 3D-мотивов
    • Научный руководитель: Суплатов Д.А.
    • Автор: Герасева Елизавета Павловна (Специалист)
  • • 2020 Анализ динамической структуры каталитического домена нейраминидазы А из Streptococcus pneumoniae методами молекулярного моделирования
    • Научные руководители: Суплатов Д.А., Шарапова Я.А.
    • Автор: Власов Антон Викторович (Специалист)
  • • 2019 Построение и анализ множественного выравнивания бактериальных нейраминидаз
    • Научные руководители: Суплатов Д.А., Шарапова Я.А.
    • Автор: Власов Антон Викторович (Специалист)
  • • 2019 Молекулярное моделирование специфического распознавания ингибитора II типа дорамапимода в аллостерическом центре митоген-активируемых протеинкиназ
    • Научный руководитель: Суплатов Д.А.
    • Автор: Макарикова Ольга Леонидовна (Специалист)
  • • 2019 Биоинформатический анализ активных центров сериновых β-лактамаз с использованием 3D-мотивов
    • Научный руководитель: Суплатов Дмитрий Андреевич
    • Автор: Герасева Елизавета Павловна (Специалист)
  • • 2018 Сравнительный биоинформатический анализ структур и последовательностей активных центров декарбоксилазы и альдолазы L-аминокислот из суперсемейства PLP-зависимых ферментов I типа
    • Научный руководитель: Суплатов Дмитрий Андреевич
    • Автор: Герасева Елизавета Павловна (Специалист)
  • • 2016 Характеристика различных сайтов связывания в структурах белков семейства глицеральдегид-3- фосфатдегидрогеназ
    • Научные руководители: Суплатов Д.А., Швядас В.К.
    • Автор: Медведев Дмитрий Олегович (Специалист)
  • • 2016 Поиск структурных и эволюционных корреляций между функциональными сайтами в структурах ферментов
    • Научные руководители: Суплатов Д.А., Швядас В.К.
    • Автор: Злобин Александр Сергеевич (Специалист)
  • • 2016 Подготовка иллюстраций и анимаций биологических макромолекул с использованием программы PyMol
    • Научные руководители: Суплатов Д.А., Швядас В.К.
    • Автор: Николаева Дарья Дмитриевна (Специалист)
  • • 2016 Моделирование петель в структуре 3‑гидроксибензоатгидроксилазы из Comamonas testosteroni с помощью пакета молекулярного моделирования Rosetta
    • Научные руководители: Суплатов Д.А., Швядас В.К.
    • Автор: Копылов Кирилл Евгеньевич (Специалист)
  • • 2015 Сравнительный структурный анализ активных центров ферментов семейства глицеральдегид-3-фосфат-дегидрогеназ
    • Научные руководители: Суплатов Д.А., Швядас В.К.
    • Автор: Медведев Дмитрий Олегович (Специалист)
  • • 2015 Изучение структурных и энергетических факторов связывания аллостерического ингибитора Дорамапимода с p38α MAP-киназой человека
    • Научные руководители: Суплатов Д.А., Швядас В.К.
    • Автор: Копылов Кирилл Евгеньевич (Специалист)
  • • 2015 Биоинформатический анализ цитохромов P450
    • Научный руководитель: Суплатов Д.А.
    • Автор: Хачатурян Марина Александровна (Специалист)
  • • 2015 Анализ баз данных центров связывания лигандов для изучения аллостерических сайтов в структуре белков
    • Научные руководители: Суплатов Д.А., Швядас В.К.
    • Автор: Злобин Александр Сергеевич (Специалист)
  • • 2014 Сравнительный структурный анализ ферментов семейства металлокарбоксипептидаз
    • Научные руководители: Суплатов Д.А., Швядас В.К.
    • Автор: Медведев Дмитрий Олегович (Специалист)
  • • 2014 Биоинформатический анализ белков комплекса Mycobacterium tuberculosis для поиска мишеней селективного ингибирования
    • Научные руководители: Суплатов Д.А., Швядас В.К.
    • Автор: Тахавеев Вакиль Ахматович (Специалист)
  • • 2013 Характеристика фермент-субстратного взаимодействия в глутарил ацилазе из Brevundimonas diminuta методами молекулярного моделирования
    • Научные руководители: Суплатов Д.А., Швядас В.К.
    • Автор: Тахавеев Вакиль Ахматович (Специалист)
  • • 2013 Определение новых потенциальных сайтов связывания в ДНК-зависимой РНК полимеразе Mycobacterium tuberculosis методами биоинформатического анализа
    • Научный руководитель: Суплатов Д.А.
    • Автор: Климчук Олеся Игоревна (Специалист)
  • • 2012 Сравнительный биоинформатический анализ ферментов семейств пираноза-2-оксидаз и пираноза-дегидрогеназ выявил аминокислотные остатки, определяющие региоспецифичность окисления моносахаридов
    • Научные руководители: Суплатов Д.А., Швядас В.К.
    • Автор: Тахавеев Вакиль Ахматович (Специалист)
  • • 2012 Сравнительный биоинформатический анализ изоферментов лактатдегидрогеназы человека
    • Научный руководитель: Суплатов Д.А.
    • Автор: Зырин Владимир (Специалист)
  • • 2011 Сравнительный биоинформатический анализ каталитических аминокислот ферментов суперсемейства α/β-гидролаз
    • Научные руководители: Суплатов Д.А., Швядас В.К.
    • Автор: Аржаник В.К. (Специалист)
  • • 2011 Особенности моделирования по гомологии структур пенициллинацилаз
    • Научный руководитель: Суплатов Д.А.
    • Автор: Зырин Владимир (Специалист)
  • • 2011 Изучение молекулярных механизмов селективного распознавания ингибиторов в активном центре ферментов семейства протеинкиназ С человека
    • Научные руководители: Суплатов Д.А., Швядас В.К.
    • Автор: Шалаева Дарья Николаевна (Специалист)
  • • 2011 Биоинформатический анализ аминокислотных остатков, определяющих каталитический механизм и CO2/O2 специфичность ферментов семейства Рубиско
    • Научные руководители: Суплатов Д.А., Швядас В.К.
    • Автор: Кирилин Евгений Михайлович (Специалист)
  • • 2010 Изучение субстратной специфичности лауролактам гидролазы
    • Научные руководители: Суплатов Д.А., Швядас В.К.
    • Автор: Пуляхина Ирина Викторовна (Специалист)
  • • 2010 Изучение механизма регуляции ферментативной активности аминогликозидфосфотрансфераз типа VIII из Streptomyces rimosus методами биоинформатики
    • Научные руководители: Суплатов Д.А., Швядас В.К.
    • Автор: Кирилин Евгений Михайлович (Специалист)
  • • 2010 Изучение и моделирование субстратной специфичности D-аминопептидазы из Ochrobactrum anthropi в реакциях ацильного переноса
    • Научные руководители: Суплатов Д.А., Швядас В.К.
    • Автор: Шалаева Дарья Николаевна (Специалист)
  • • 2010 Биоинформатическое сравнение ферментов семейств гидроксинитрилаз и липаз с целью поиска структурных детерминант, определяющих каталитическую активность
    • Научные руководители: Швядас В.К., Суплатов Д.А.
    • Автор: Аржаник Владимир Константинович (Специалист)
  • • 2009 Характеристика особенностей каталитического механизма пенициллин V ацилаз на основе сравнения с гомологичными пенициллин G ацилазами и цефалоспорин С ацилазами
    • Научные руководители: Швядас В.К., Суплатов Д.А.
    • Автор: Пуляхина Ирина Викторовна (Специалист)
  • • 2009 Моделирование третичной структуры пенициллин V ацилазы из Streptomyces mobaraensis
    • Научные руководители: Швядас В.К., Суплатов Д.А.
    • Автор: Аржаник В.К. (Специалист)

• Авторство учебных курсов

  • • 2017 Белковая инженерия
    • Автор: Суплатов Д.А.
  • • 2014 Механизмы ферментативных реакций
    • Авторы: Швядас В.К., Буник В.И., Суплатов Д.А., Нилов Д.К., Халиуллин И.Г.
  • • 2014 Биоинженерия белков
    • Авторы: Муронец В.И., Швядас В.К., Суплатов Д.А.
  • • 2012 Биоинженерия белков
    • Авторы: Муронец В.И., Швядас В.К., Суплатов Д.А.

• Преподавание учебных курсов

  • • с 1 октября 2017 Белковая инженерия
    • МГУ имени М.В. Ломоносова, Факультет биоинженерии и биоинформатики
    • обязательная, базовой части, лекции, 11 часов

---