ИСТИНА

Высокопроизводительные вычисления — один из важнейших инструментов, способствующих развитию вычислительной биологии. Рассматривается применение метода полноатомной молекулярной динамики (МД) для изучения динамического поведения филаментов, образованных белком тубулином, и представлены результаты тестирования вычислительной производительности в зависимости от новейших моделей центральных процессоров и видеоускорителей. Наш сравнительный анализ производительности вычислительных архитектур на основе графических процессоров для полноатомных МД-расчетов биомолекулярных систем не только дает рекомендации по выбору оптимального вычислительного решения с точки зрения соотношения цены и производительности, но и показывает максимальный потенциал вычислительной производительности, который могут обеспечить современные центральные и графические процессоры. Например, динамика биомолекулярной системы, содержащей протофиламент тубулина в явно заданном растворителе, состоящем из более чем 300 тысяч атомов, может быть изучена с производительностью 232 нс/день при временном шаге 2 фс при использовании одноузлового компьютера с архитектурой последнего поколения. Постоянно развивающиеся вычислительные ресурсы в сочетании с современным программным обеспечением позволяют нам решать все более сложные задачи, возникающие в науках о жизни.