ИСТИНА

Введение. Нарушения формирования пола — группа врождённых патологий развития, основным диагностическим признаком которых является не- соответствие хромосомного пола паспортному. Сре- ди нарушений формирования пола при нормальном кариотипе подавляющее большинство составляет группа пациентов с мужским кариотипом 46,XY. Вы- являемость моногенной причины заболевания в этой группе достигает 75-80%, вследствие чего высокопро- изводительное секвенирование становится важной частью диагностики пациента, а его результаты могут стать отправной точкой для диагностики сибсов про- банда на носительство этого генетического варианта, что потенциально может помочь им сделать в будущем информированный репродуктивный выбор. Вместе с тем часть ранее не описанных вариантов являются вариантами неясного клинического значения, для их переклассификации необходимы дополнительные мо- лекулярные исследования. Во 2 гинекологическое отделение НМИЦ АГП имени В.И. Кулакова (далее — Центр) поступила пациентка с ди- агнозом нарушение формирования пола, поставленным при рождении на основании фенотипа (вирилизация женских гениталий, гипертрофия клитора, начало опу- щения яичек в большие половые губы, рудиментарная матка). В детском возрасте пациентке были проведены операции по феминизации гениталий. У пациентки нор- мальный мужской кариотип 46,XY. В Центре проведено полноэкзомное секвенирование, в результате которо- го выявлен гетерозиготный миссенс-вариант c.713C>T (p.Ala238Val) в гене MAP3K1. Вариант не зарегистриро- ван в контрольной выборке gnomAD; алгоритмы оценки влияния варианта на белок предсказывают его как не- патогенный (SIFT: 0.28, PolyPhen-2:0.0). Однако алгоритм Раздел 22. Молекулярная диагностика в генетике моногенных заболеваний 402 Молекулярная диагностика i 2025 оценки влияния генетического варианта на сплайсинг предсказал его патогенным (SpliceAI: 0.89). По сово- купности сведений, вариант был классифицирован как вариант с неопределённым клиническим значением. С использованием метода секвенирования по Сэнгеру было показано, что p.Ala238Val унаследован от мамы па- циентки (и пациентка, и её мама гетерозиготны по вари- анту). Ген MAP3K1 расположен на 5 хромосоме в локусе 5q11.2. Для патогенных генетических вариантов в этом гене, ассоциированных с нарушениями формирования пола, описан механизм усиления функции белка, что уве- личивает уровни фосфорилирования p38 и ERK1/2. Их высокая активность характерна для эмбриогенеза плода женского пола, поскольку способствует овариальной и препятствует тестикулярной дифференцировке. Цель и задачи. Разработать маршрутизацию даль- нейшего обследования пациентки с целью перекласси- фикации варианта p.Ala238Val в гене MAP3K1. Материалы и методы. Инструмент SpliceAI, вну- тренняя программа для написания праймеров. Буфер для лизиса эритроцитов, набор реагентов ПРОБА-НК (ДНК-Технология), MMLV-ревертаза, taq-полимераза (ДНК-Технология), AlphpaFOLD2. Основные результаты 1. С помощью инструмента SpliceAI был предсказан новый, неканонический сплайс-продукт гена MAP3K1 с вариантом p.Ala238Val, который короче канонического на 123 нуклеотида (43 аминокислоты, без сдвига рамки считывания). 2. Из крови пациентки, её мамы и группы здоровых доноров выделена тотальная РНК, проведена ОТ, ПЦР со специфичными праймерами, контроль в агарозном геле. Показано, что у пациентки и её мамы присутствует как канонический транскрипт MAP3K1 (405 п.н.), так и укороченная сплайс-форма (282 п.н.). У здоровых доно- ров альтернативный сплайс-продукт отсутствует. 3. Была предсказана третичная структура белка, транслирующегося с канонического и альтернативного сплайс-продуктов, размечены киназные домены белка. Показано, что киназный домен GEF потенциально ста- новится более открытым субстрату в структуре белка, транслирующегося с альтернативного сплайс-транс- крипта MAP3K1, что потенциально может приводить к усилению его киназной активности. Заключение. Несмотря на то, что результатам дан- ной работы получено недостаточно данных для пере- классификации варианта p.Ala238Val в MAP3K1 в ве- роятно патогенный, не было также получено данных для переклассификации варианта в вероятно добро- качественный. Отсутствие сдвига рамки считывания в альтернативном транскрипте, а также 3D-модель аль- тернативной изоформы белка не позволяют отвергнуть гипотезу о каузативности p.Ala238Val в MAP3K1. Вместе с тем наличие такого же варианта в гетерозиготном со- стоянии у фенотипически и репродуктивно здоровой мамы пробанда не противоречит данной гипотезе, по- скольку у мамы женский кариотип 46,XX, и её гонады изначально формировались по женскому типу. Переклассификация генетического варианта в данном клиническом случае особенно важна в свете наличия у пациентки младшей сестры. В случае, если сестра имеет кариотип 46,XX и является гетерозиготной носительницей p.Ala238Val в MAP3K1, в будущем 50% её детей с карио- типом 46,XY будут иметь нарушение формирования пола.