ИСТИНА

Метилирование гистона Н3 по лизину-36 (Н3К36me) является важной модификацией, которая участвует в регуляции транскрипции, сплайсинга и репарации различных повреждений ДНК [1]. На данный момент установлено по меньшей мере 8 трансфераз, катализирующих моно-, ди- и триметилирование Н3К36. Моно- и диметилирование лизина-36 обеспечивает семейство NSD белков, но роль этих ферментов и влияние меток на пространственную структуру хроматина не ясны. Для ответа на этот вопрос в рамках данной работы было проведено исследование пространственной организации интерфазного хроматина мышиных эмбриональных стволовых клеток дикого типа и на фоне нокаутов Н3К36-специфичных моно- и диметилтрансфераз Nsd1, Nsd2, Nsd3. Установленная с помощью техники Hi-C пространственная организация хроматина позволила сделать ряд выводов о влиянии перечисленных метилтрансфераз, в то же время профили метилирования H3K36me2 и H3K27me3 и экспрессия генов полученные с помощью SET-seq [2] расширили возможности интерпретации результатов. В данной работе показано, что при большом разрешении не обнаружено отличий в структуре хроматина в перечисленных нокаутах. Частота дальних взаимодействий и границы компартментов остаются практически неизменными в линиях с нокаутами по сравнению с контролем. При этом на локальном уровне генома при небольшом разрешении видны отличия, что подтверждается данными SET-seq. Несмотря на то что границы ТАДов остаются в среднем неизменными, в некоторых случаях наблюдается ослабление силы взаимодействия внутри. При нокауте NSD2 наблюдается ослабление петель, в нокаутах NSD1 и NSD3 напротив заметно их усиление. Эти изменения происходят не по всему геному, но в отдельных локусах, что свидетельствует об избирательном влиянии белков Nsd на структуру хроматина в определённых геномных контекстах (см рисунок 1 и 2). Данная работа поддержана грантом РНФ 24-44-00023.