ИСТИНА

Нуклеосомы являются фундаментальными элементами организации хроматина, участвуют в уплотнении геномной ДНК и служат мишенями для связывания многочисленных регуляторных белков. В настоящее время известно более 500 различных структур нуклеосом. Несмотря на большое количество структур нуклеосом, репертуар последовательностей нуклеосомных ДНК в них весьма ограничен. С помощью криоэлектронной микроскопии мы определили структуру нуклеосомы, сформированную на последовательности ДНК Widom 603, с разрешением 4 Å и реконструировали атомную модель. Мы разработали интегративный подход к моделированию для изучения разворачивания нуклеосомной ДНК на основе данных Крио-ЭМ и верифицировали его с помощью МУРР и измерений Фёрстеровского резонансного переноса энергии. Мы визуализировали пошаговое откручивание ДНК от нуклеосомы и продемонстрировали сцепленную с откручиванием потерю димера гистонов H2A-H2B. Сравнительный анализ симметрии карт электронной плотности свидетельствует о зависимости стороны откручивания ДНК от последовательности нуклеотидов, что согласуется с асимметрией прохождения РНК полимеразы сквозь нуклеосомы.Работа поддержана грантами Российского научного фонда No19-74-30003 (крио-ЭМ и обработка изображений, FRET измерения) и No 23-74-10012 (молекулярное и интегративное моделирование).