ИСТИНА

В данной работе методом численного анализа (NUPACK) и крупнозернистого моделирования (oxDNA) изучены механизмы формирования псевдоузловых двухцепочечных ДНК-комплексов. Опреде-лены вторичные и третичные структуры взаимодействующих петель (kissing-loop), исследованы темпера-турно-индуцированные конформационные переходы между различными геометрическими состояниями комплексов. Оптимизация трехмерной структуры проводилась с использованием алгоритмов Метропо-лиса-Гастингса и генетических алгоритмов с учетом термодинамических параметров (температура плав-ления, переход псевдоузел–дуплекс, угловая ориентация петель). Полученные данные верифицированы экспериментальными результатами флуоресцентного анализа с применением пары "флуорофор-гаситель" и электрофорезом.