ИСТИНА

Введение. Бактерии из рода Kocuria распространены повсеместно, среди них есть штаммы, вызывающие заболевания человека и домашних животных, и штаммы, имеющие биотехнологический потенциал. Устойчивость этих бактерий к антибиотикам имеет большое практическое значение, хотя на данный момент плохо изучена. Методы. Для работы использовались три штамма бактерий из рода Kocuria: типовой штамм K. rhizophila 4R-31 и два штамма, выделенные с мясоперерабатывающихо производств: K. rhizophila 155 и K. carniphila 988. Протестировано влияние на эти культуры 15 антибиотиков разных групп (таблица 1) помощью планшетного ридера-культиварота Биорад. Бактерии культивировали в 96-луночных планшетах в среде LB с разными концентрациями антибиотиков при перемешивании 120 об/мин и температуре 30оС. Для получения кинетической кривой каждые пол часа измерялась оптическая плотность в лунках планшета при длине волны 540 нм. Для поиска генов, обеспечивающих устойчивость к антибиотикам, нами были получены полные геномы K. rhizophila 155 и K. carniphila 988. Полные геномы K. rhizophila 4R-31 и некоторых других штаммов Kocuria были взяты из базы данных RefSec. Из всех геномов были вырезаны гены 16s рРНК для построения филогенетического дерева. Для выравнивания последовательностей использовалась программа MUSCLE [1]. Для построения дерева использовалась программа FastME [2] с количеством итераций бутстрэп 1000. В базе данных CARD были найдены гены, обеспечивающие устойчивость к антибиотикам. Из базы данных Uniprot были скачаны последовательности их белковых продуктов. Поиск гомологов белков в геномах осуществлялся с помощью программы tblastn. Для этого был написан скрипт на языке Python. Результаты. Концентрации антибиотиков, подавляющие рост трех исследуемых штаммов, приведены в таблице 1. Все три штамма показали высокую устойчивость к хлорамфениколу и повышенную устойчивость к низину. Штамм K. carniphila 988 намного более устойчив к фосфомицину, азитромицину и бацитрацину, чем другие два штамма. Штамм K. rhizophila 155 более устойчив к канамицину и колистину. Остальные антибиотики подавляют рост всех трех штаммов в концентрациях не более 5 мкг/мл.