ИСТИНА

Метагеномный анализ потенциально позволяет выявлять все вирусы, которыми заражено данное растение, и секвенировать их геномы. Этот подход был использован для выявления и характеристики вирусов инжира (Ficus carica) и косточковых культур (Prunus spp.) из генофондовых коллекций Никитского ботанического сада - Национального научного центра РАН. Метагеномный анализ выполняли с помощью высокопроизводительного секвенирования на платформе MiSeq Illumina. Парно-концевые прочтения длиной 150 пар нуклеотидов собирали в контиги de novo с помощью программы metaSpades 3.14.0. В результате BLASTn анализа в образцах инжира сортов Bleuet, Kraps di Hersh, Temri, Смена и растения F. palmata с симптомами мозаичной болезни обнаружены контиги, родственные fig mosaic virus (FMV), fig cryptic virus (FCV), fig badnavirus 1 (FBV 1), fig virus A (FVA), fig virus B (FVB), fig leaf mottle-associated virus 2, fig fleck-associated virus и fig mild mottle-associated virus. За исключением FVA и FVB, наличие остальных вирусов в исследованных образцах подтверждено методом ОТ-ПЦР с вирусспецифическими праймерами. Полностью секвенированы: геном 5 изолятов FMV, состоящий из 6 однонитевых молекул РНК отрицательной полярности, и геном 4 изолятов FCV, представленный 2 молекулами двунитевой РНК. Филогенетический анализ открытых рамок считывания (ОРС) генома FMV показал, что ОРС1 - ОРС3 и ОРС6 российских изолятов кластеризуются с итальянскими изолятами Сic и Gr10, в то время как ОРС4 образует отдельный кластер с изолятом JTT-Pa из Японии, а ОРС5 - с изолятами SB1 и SB2 из Сербии. Неконгруэнтность деревьев, реконструированных из различных сегментов генома, указывает на возможность существования реассортантов среди крымских изолятов вируса. FCV-родственные контиги покрывали 99 - 100% генома самого близкородственного изолята BN13 из Италии с идентичностью 99,3 (РНК1) и 99,6% (РНК2). В образцах абрикоса P. armeniaca сортов Кундузи, Симферопольский Красавец, Ялтинский, Сальери, сливы P. domestica сортов Чачакская, Венгерка, Изюм Эрик, и гибрида абрикоса, алычи и сливы альпийской 87-23, обнаружены контиги, родственные cherry virus A, little cherry virus 1, prunus necrotic ringspot virus и prune dwarf virus, покрывающие большую часть генома этих вирусов. В образцах абрикоса сортов Кундузи и Симферопольский Красавец идентифицированы контиги, на 97% идентичные геномной РНК1 ourmia-like virus из оомицета Plasmopara viticola - возбудителя ложной мучнистой росы винограда. Все перечисленные вирусы выявлены в России впервые, что расширяет информацию об их географическом распространении. FMV, FCV и FBV 1 обнаружены на новом природном хозяине - F. palmata, расширяя круг хозяев этих вирусов. Работа была поддержана грантом Министерства науки и высшего образования РФ № 075-15-2019-1670 и грантом РНФ № 19-16-00091.