ИСТИНА

Программа BLDGRAPH входит в состав комплекса параллельных программ iHCE, который предназначен для поиска высококонсервативных элементов (ВКЭ) в наборе геномов. Она реализует второй этап поиска ВКЭ, а именно, на основе исходного множества рёбер, полученного программой PAIRHITS, строит много дольный граф, у которого каждая доля соответствует одному геному. Для этого выполняется склейка вершин, когда отвечающие им слова в последовательности ДНК совпадают или сильно пересекаются, и замена возникающих кратных рёбер одним, соответствующим наибольшему сходству слов. Получаемый в результате начальный граф имеет меньшие размеры и число связных компонент по сравнению с исходным графом. Необходимость выделения второго этапа объясняется существенно иными характеристиками масштабируемости по сравнению с другими этапами: алгоритм использует больше памяти и более интенсивный обмен между параллельно исполняемыми процессами. Поэтому программа BLDGRAPH предназначена главным образом для вычислительных кластеров с узлами, оснащёнными памятью большого объёма, и суперкомпьютеров с общей памятью, хотя работоспособна и на обычном ПК или сервере с достаточным объёмом памяти. Программа имеет интерфейс командной строки и распараллелена с использованием библиотек стандарта MPI 2.1 и выше. Тип ЭВМ: IBM PC-совместимый ПК/сервер или суперкомпьютер. ОС: Linux, Windows (64 бит).